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TruSight RNA Pan-Cancer Panel

靶向1385个癌症基因进行基因表达、变异和融合检测研究，适用于多种RNA样本类型，包括血液、骨髓和FFPE组织。

2.5天

分析时间

11小时

手动操作时间

10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA

起始量

详情请参见规格表

适用于MiniSeq基因测序仪的试剂和文库制备试剂盒包

一起订购MiniSeq试剂和文库制备试剂盒，能节省更多费用且更为方便（商品目录号：20005611）。

概述

TruSight RNA Pan-Cancer Panel可在台式基因测序仪上对有限和降解样本中的癌症相关RNA转录本进行深入且经济的评估。

  • 经过行业验证的产品内容，全面了解1385个癌症通路相关基因

  • 全面了解癌症通路，检测基因表达水平、变体和基因融合

  • 适用于大多数样本类型的低起始量方案，包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本

对困难样本进行高效分析

可以使用总RNA起始量低至10 ng的样本（或起始量低至20 ng的FFPE样本）制备文库。主要关注一部分相关基因，实现高灵敏度的RNA-Seq。

直观的云端数据分析

可以使用BaseSpace RNA-Seq Alignment App进行分析，该App可提供基因表达图谱、识别基因融合，并报告单核苷酸位点变异和小插入缺失，为癌症研究人员提供全面、直观的解决方案。

样品数据集

注册或登录BaseSpace Sequence Hub，访问MiSeq基因测序仪数据MiniSeq基因测序仪数据（查看运行或查看项目）。

规格

分析时间 2.5天
自动化详情 探索可用的自动化方法
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor
内容说明 具有1385个靶标基因和21,043个靶向外显子区域的泛癌panel。包括507个涉及癌症基因融合的基因。
说明 对癌症相关RNA转录本开展全面评估，从而研究多种癌症类型的基因融合、变异和基因表达变化。
手动操作时间 11小时
起始量 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer
方法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment, Custom sequencing
核酸类型 RNA
特殊的样本类型 Low-input samples, FFPE tissue
物种 人
技术 Illumina测序
变异类别 Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Transcript variants

需要的产品

需要购买TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set A和/或B。每组包含文库制备试剂和寡核苷酸，用于48个样本，12个标签。每个标签足以用于4个单独的样本。两种试剂盒可同时用于混合多达24个样本。

如果使用MiniSeq系统，试剂和文库制备试剂盒可在TruSight Pan-Cancer Set A MiniSeq试剂盒中一起订购。

/ 结果

应用

TruSight RNA Pan-Cancer Panel可全面评估FFPE组织和其他肿瘤样本中的癌症相关RNA转录本和融合检测，用于研究。

工作流程示例

1
制备
2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample)

2×75 bp（最大推荐值）
MiSeq System

8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample)

2×75 bp（最大推荐值）

相关应用和方法

泛癌分析

利用NGS进行泛癌分析可以全面评估与多种常见癌症相关的基因变异和异常，无论肿瘤来源是什么。

癌症RNA测序

利用RNA新一代测序（RNA-Seq）检测癌症基因表达和转录组变化，鉴定新的癌症转录本。

低质量/FFPE RNA-Seq解决方案

查找从降解的FFPE组织和其他低质量样本中获得高质量结果的FFPE RNA测序解决方案。

其他人如何使用该产品
儿童白血病癌症通路的新视图

文档

产品资料
Support documentation

比较

TruSight RNA Pan-Cancer Panel TruSight RNA Fusion Panel
分析时间 2.5天 2.5天
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor
内容说明 具有1385个靶标基因和21,043个靶向外显子区域的泛癌panel。包括507个涉及癌症基因融合的基因。
说明 对癌症相关RNA转录本开展全面评估，从而研究多种癌症类型的基因融合、变异和基因表达变化。 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案，深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因，包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 
手动操作时间 11小时 11小时
起始量 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer
方法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment, Custom sequencing Targeted RNA sequencing, Target enrichment
核酸类型 RNA RNA
特殊的样本类型 Low-input samples, FFPE tissue Low-input samples, FFPE tissue
物种 人 人
技术 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Transcript variants Gene fusions

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

TruSight Pan-Cancer捕获化学技术

TruSight RNA PanCancer Panel提供了一种从总RNA中分离目标区域的简单、简化的方法。

鉴定新的基因融合伴侣

（A）Bioanalyzer上显示了来自黑色素瘤的3个不同FFPE样本的总RNA的大小分布。（B）表显示了当仅靶向融合对中的一个基因（突出显示）时，FFPE样本中基因融合伴侣的检测。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set A

RS-303-1002

包括用于48个样本的文库制备试剂和寡核苷酸，以及12个标签（每个标签足够用于4个单独样本）。与TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set B搭配使用时，最多能混合24个样本。

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TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set B

RS-303-1003

包括用于48个样本的文库制备试剂和寡核苷酸，以及12个标签（每个标签足够用于4个单独样本）。与TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set A搭配使用时，最多能混合24个样本。

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TruSight RNA Pan-Cancer Set A MiniSeq Kit

20005611

包括用于48个样本的文库制备试剂和寡核苷酸，以及12个标签，外加6个MiniSeq High Output Kit（150个循环）。

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Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panel

20046104

如果使用1重富集，Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panel包含足够用于测序的96个总RNA样本的寡核苷酸；如果使用3重*富集，则包含288个总RNA样本的寡核苷酸。此panel不包含文库制备。*仅适用于允许多重富集的文库制备工作流程。

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常见问题解答

TruSight RNA Pan-Cancer工作流程包括六个主要步骤：

  • 生成链RNA-Seq文库
  • 将生物素化的探针与目标区域杂交
  • 使用链霉亲和素磁珠捕获靶标
  • 从磁珠中洗脱捕获的片段
  • 生成簇和测序
  • 使用BaseSpace RNA Alignment App分析数据和检出基因融合

了解更多。

这些探针旨在靶向1385个癌症基因，并通过覆盖每个基因的所有外显子来检测融合。

在MiSeq系统上运行RNA-Seq工作流程（仅FASTQ），并将数据流式传输到BaseSpace Sequence Hub。BaseSpace RNA-Seq Alignment App可分析TruSight RNA Pan-Cancer Panel的数据，提供包含融合表、变异表和基因表达表的简单结果摘要。您也可以使用自己的流程进行分析。

/ 结果

订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

NextSeq 500/550 v2.5 Kit

与早期版本相比，v2.5试剂盒使用弹性流动槽，可保持起始荧光强度，具有更高的稳定性和性能。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

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