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TruSight RNA Fusion Panel

全面的基因融合检测，覆盖来自FFPE和其他癌症研究样本的507个基因。

TruSight RNA Fusion Panel

全面的基因融合检测，覆盖来自FFPE和其他癌症研究样本的507个基因。

2.5天

分析时间

11小时

手动操作时间

10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA

起始量

详情请参见规格表

概述

TruSight RNA Fusion Panel可在单次NGS检测中覆盖507个与癌症相关的融合相关基因，并在四天内提供RNA结果供研究使用。 

  • 行业导向的产品内容，全面检测常见和新型融合

  • 针对所有样本类型优化RNA测序，包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织

  • 显示融合检出的机载软件

全面了解癌症相关融合基因

TruSight RNA Fusion Panel可在单次检测中覆盖数百个基因，增加了在第一轮检测中检出融合的可能性。

简单的一体化工作流程

简单的一体化工作流程包括文库制备、测序和数据分析，可以根据样本数量进行缩放。可在台式基因测序仪上对RNA样本进行多重分析和测序，从而更好地利用实验室经费。

机载软件

机载融合检出支持实验室实现基于NGS的融合检测，无需额外的生物信息学支持。该分析可以提供检测到的融合、相关疾病关联（根据Mitelman数据库确定）以及支持融合的read证据，以列表形式呈现。

规格

分析时间 2.5天
自动化详情 探索可用的自动化方法
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor
说明 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案，深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因，包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 
手动操作时间 11小时
起始量 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer
方法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment
核酸类型 RNA
特殊的样本类型 Low-input samples, FFPE tissue
物种 人
技术 Illumina测序
变异类别 Gene fusions

需要的产品

需要同时购买 Set A 和 Set B 配套试剂，每种试剂包含 12 个唯一标签。  

/ 结果

应用

TruSight RNA Fusion Panel能够使用血液、骨髓或FFPE样本，在多种癌症类型的507个融合相关基因中与已知和新的伴侣进行基因融合检测研究。 

工作流程示例

1
制备
TruSight RNA Fusion Panel
2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp（建议最大）
MiSeq System

8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp（建议最大）
NextSeq 550 System

24 samples per run (mid output; based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp（建议最大）

相关应用和方法

低质量/FFPE RNA-Seq解决方案

查找从降解的FFPE组织和其他低质量样本中获得高质量结果的FFPE RNA测序解决方案。

癌症RNA测序

利用RNA新一代测序（RNA-Seq）检测癌症基因表达和转录组变化，鉴定新的癌症转录本。

文档

产品资料
Support documentation

比较

TruSight RNA Fusion Panel TruSight Tumor 170 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3
分析时间 2.5天 约2天 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor Solid tumor Solid tumor Solid tumor
说明 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案，深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因，包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。  利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。
手动操作时间 11小时 约10.5小时 < 1.5小时 <1.5小时
起始量 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA 40 ng DNA和/或RNA 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 1–100 ng（建议每个混池10 ng）
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode
方法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing
核酸类型 RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
特殊的样本类型 Low-input samples, FFPE tissue Low-input samples, FFPE tissue FFPE tissue FFPE tissue
物种 人 人 人 人
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 Gene fusions Gene fusions, Somatic variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

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图

TruSight RNA Fusion捕获化学技术

TruSight RNA Fusion Panel提供了一种从总RNA中分离目标区域的简单、简化的方法。

TruSight RNA Fusion Detection与FISH和RT-PCR的一致性

使用TruSight RNA Fusion Panel检测FFPE样本中的融合

Trusight RNA Fusion Panel针对高质量和低质量RNA样本类型的高性能进行了优化。文库制备仅需10 ng总RNA或20 ng FFPE RNA。这种低起始量要求使得该panel非常适合对有限数量的样本进行可靠的靶向分析。

TruSight RNA Fusion Panel Set A (48 samples)

RS-304-1002

可用于48个测序用总RNA样本（包括FFPE样本）的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签；2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18和19。

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TruSight RNA Fusion Panel Set B (48 samples)

RS-304-1003

可用于48个测序用总RNA样本（包括FFPE样本）的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签；1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25和27。

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TruSight RNA Fusion Oligo Panel

20046101

如果使用1重富集，TruSight RNA Fusion Oligo Panel包含足够用于测序的96个总RNA样本的寡核苷酸；如果使用3重*富集，则包含288个总RNA样本的寡核苷酸。此panel不包含文库制备。*仅适用于允许多重富集的文库制备工作流程。

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常见问题解答

高度可信的融合检出意味着融合符合阈值过滤条件，该阈值过滤条件基于拆分read评分、双read评分、断裂末端同源性和其他特征的计算值。

低置信度融合检出意味着融合在Mitelman数据库中被列为复发，但无法通过或达到最小阈值评分。 

了解更多信息，请参阅Local Run Manager RNA Fusion分析模块工作流程指南。 

Fusion评分反映了融合检出的可信度，其中0为低，1为高。评分＞0.6报告为高置信度融合检出。

我们的一些自动化供应商正在自动化这种检测。如果您想要自动化此工作流程，请联系您的客户经理。

导致转录本过表达或缺失的染色体易位可反映在基因表达水平上，但不会产生融合基因。Local Run Manager RNA Fusion模块不用于检测基因表达变化。要检测这些变化，建议使用BaseSpace Sequence Hub中的RNA-Seq Alignment App。此外，建议在DNA中确认这些发现。 

/ 结果

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