使用iSeq 100基因测序仪进行质量控制
Texas A&M AgriLife基因组学和生物信息学总监Charlie Johnson介绍了他的实验室如何将iSeq 100基因测序仪与NovaSeq 6000基因测序仪进行质量控制,以及为什么iSeq 100基因测序仪对其工作流程至关重要。
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在您的实验室中,利用因美纳新一代测序(NGS)技术的强大功能,建立一个易于使用、价格低廉的生态系统
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iSeq 100基因测序仪利用互补金属氧化物半导体(CMOS)技术的速度和经济性,以及边合成边测序(SBS)化学的准确性,让几乎所有实验室都能获得强大的NGS技术。
与qPCR和桑格测序相比,iSeq 100系统具有更高的数据分辨率和更深的覆盖度,能够更可靠地检出变异或低频等位基因,更快获得结果,减少手动操作步骤。1,2
与更大的基因测序仪或外包相比,iSeq 100基因测序仪提供了更快、更经济高效的小规模运行,无需外包,并且从头到尾控制测序过程。
iSeq 100系统的最大产出为1.2 Gb,支持最长的读长,为各种DNA和RNA测序应用提供快速的多重测序,包括小基因组测序、靶向基因测序和基因表达图谱分析。
Westmead医学研究所的病毒组学实验室首席科学家John-Sebastian Eden博士将他的测序项目带到了内部。了解他为什么以及如何决定使用iSeq 100基因测序仪。
全面、简化的工作流程,使iSeq 100基因测序仪成为任何希望进行快速、经济高效的基因分析的实验室的理想选择。
使用Clarity LIMS软件或现有的LIMS系统无缝管理工作流程。
使用高性能文库制备试剂盒为各种应用制备文库。
使用带有成熟的因美纳边合成边测序化学技术的即用型试剂生成序列,仅需9.5小时。
使用机载软件、Local Run Manager和触摸屏界面监控和分析测序运行。
使用BaseSpace Sequence Hub上的应用程序解读和共享结果。
iSeq 100基因测序仪的最大输出范围为每次运行1.2 Gb,优化了文库制备试剂盒,具有高分辨率和分析灵敏度,是多种应用的多功能选择,包括小型基因组测序、16S宏基因组学研究、基因编辑验证等。
Texas A&M AgriLife基因组学和生物信息学总监Charlie Johnson介绍了他的实验室如何将iSeq 100基因测序仪与NovaSeq 6000基因测序仪进行质量控制,以及为什么iSeq 100基因测序仪对其工作流程至关重要。
成熟的扩增子化学技术与业界领先的测序技术相结合,适用于癌症相关的靶向重测序应用。
iSeq 100系统 |
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运行时间 | 9–19 小时 | ~4-15.5 小时 | 8–44 小时 |
每次运行的最大产出 | 1.2 Gb | 30 Gb | 540 Gb |
每次运行的最大单端read数 | 4M | 100 million个单端read 200 million条双端read |
1.8 billion个单端read 3.6 billion条双端read |
信息学选项b | BaseSpace Sequence Hub、Illumina Connected Analytics本地DRAGEN服务器 | 仪器上:LRM分析模块 云端:BaseSpace Sequence Hub和Illumina Connected Analytics上提供了广泛的DRAGEN分析应用程序菜单 本地: DRAGEN分析应用的广泛菜单 |
仪器上:DRAGEN分析流程的定制菜单 云端: BaseSpace Sequence Hub和Illumina Connected Analytics上提供了广泛的DRAGEN分析应用程序菜单 本地: DRAGEN分析应用的广泛菜单 |
a. 最大通量基于100M规格的流动槽,将于2025年发布,且仅适用于MiSeq i100 Plus系统。
b. 专用DRAGEN服务器与因美纳基因测序仪配对,可用于使用Illumina Run Manager在测序运行中规划二级分析。本地DRAGEN服务器不直接与基因测序仪通信,但可以通过命令行从任何因美纳基因测序仪获取和处理数据。
查找教育和支持资源,帮助您了解新一代测序(NGS),并为启动测序项目选择合适的产品。
了解如何使用分步指南和培训视频开始使用iSeq 100基因测序仪。了解实验室引入NGS有多简单。
我们已经将大部分手动工作从NGS数据分析流程中剔除。每一台iSeq 100基因测序仪上均安装有Local Run Manager软件,可自动进行机载数据分析。软件拥有用户友好的触摸屏界面,可启动测序运行、监测运行状态、查看结果和分析数据。
iSeq 100基因测序仪易于自行安装。我们提供多种支持资源,助您轻松入门。因美纳的科学家和工程师可随时在线或亲自提供支持和培训,帮助实验室人员快速掌握最新动态。对于长期维护,系统享有一年保修,其中包括更换仪器或现场服务工程师支持(视地区而定),以尽可能地减少停机时间。
参考文献
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