深度测序
深度测序简介
深度测序是指对基因组区域进行多次测序，有时可达数百甚至数千次。这种新一代测序（NGS）方法使得研究人员能够检测样本含量低至1%的罕见克隆类型、细胞或微生物。
深度测序的用途
深度测序对于肿瘤学、微生物基因组学研究以及与罕见细胞群分析有关的其他研究十分有用。例如，鉴定肿瘤基因突变时就需要进行深度测序，因为癌症样本中经常存在正常细胞并且肿瘤本身也可能含有癌症细胞的多种亚克隆。
影响测序深度的因素
是否需要深度测序取决于多种因素。例如在癌症研究中，如果是低纯度肿瘤、多克隆程度高的肿瘤以及需要高灵敏度的应用（鉴定低频率克隆），则需要加大测序深度。通常癌症测序的覆盖深度在80倍至数千倍之间。
影响癌症测序深度的因素
肿瘤纯度
肿瘤一般包括正常细胞和肿瘤组织。为检测肿瘤突变，正常组织含量为50%的肿瘤需要采用双倍测序深度，如此才能达到与100%纯肿瘤样本相同的可信度。
肿瘤异质性
晚期肿瘤经常存在多种克隆。克隆种类越多，正确呈现每种克隆类型所需的测序深度就越大。
要求灵敏度*
耐药性复发阶段，占原发肿瘤1%的克隆即有可能成为优势克隆。覆盖深度为100倍时能够检测比例为1%的克隆，但需要肿瘤中不含正常组织。
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*即，等位基因频率或肿瘤克隆丰度水平一定的条件下检出突变的概率