测序读长
什么是测序读长？
新一代测序（NGS）读长是指从一个DNA片段中测得的碱基对（bp）的数量。测序后，使用read之间的重叠区域对序列进行组装，比对read和参考基因组，重建完整的DNA序列。测序读长取决于NGS仪器上使用的测序试剂——更多的化学循环将产生更长的read。
为什么NGS读长很重要？
根据您的样本类型、应用和覆盖度需求选择合适的测序读长。由于长read可实现更多的序列重叠，它们可以更好的进行从头组装，更可靠地解决基因组的重复区域。对于其他应用，例如表达分析或计数研究，较短的read就已足够，而且比较长的read更划算。
测序read选项
有两种测序read类型：单端和双端测序。单端测序是从一端到另一端对DNA片段进行测序。它非常适合小RNA测序等应用，是一种快速、经济的选择。
双端测序会在从一端读取DNA片段后，在另一端重新开始这个过程。除生成两倍的测序read之外，这种方法还能够更精确地比对read和检出结构重排。目前大多数研究人员都采用双端方法。
了解更多如何计算Illumina读长
所有Illumina测序试剂都具有一定数量的测序循环数。这些循环数与测序读长直接相关。每个循环会对一个碱基进行测序，所以循环的总数表示可测得的碱基的最大数量。您可以使用测序试剂来生成单个连续read，或者在两个方向上进行双端测序。（例如，300个循环的试剂盒可用于1 × 300 bp的单端测序运行或2 × 150 bp的双端测序运行。）
| 应用 | 推荐读长 |
|---|---|
| 全基因组测序 | 2 × 150 bp |
| 全外显子组测序 | 2 × 150 bp |
| 靶向富集测序 | 2 × 150 bp |
| 扩增子测序 | 整个扩增子插入片段的长度 |
| 从头测序 | 2 × 150至2 × 300 bp |
| 应用 | 推荐读长 |
|---|---|
| 转录组分析 | 2 × 75 bp |
| 基因表达图谱分析 | 1 × 50 bp |
| 小RNA测序 | 1 × 50 bp |
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参考文献
- Lander ES, Waterman MS.Genomic mapping by fingerprinting random clones: a mathematical analysis.Genomics. 1988;2(3):231-239.