双端与单端测序
什么是双端测序？
单端测序仅从DNA的一端进行测序，是利用Illumina测序的最简单方式。与单端测序不同，用户可使用双端测序方法对片段的两端进行测序，并生成高质量、可比对的测序数据。双端测序有助于检测基因组重排、重复序列元件、基因融合及新转录本。
除了在相同的时间内、开展相同文库制备工作的情况下产生两倍数量的读数以外，作为读数对进行比对的序列可以实现更准确的读数比对，而且还能检测出单端测序数据无法检出的插入缺失（indel）变异。1 所有Illumina新一代测序（NGS）测序仪都可用于双端测序。
双端测序与单端测序的优势对比
双端测序
- 简单的双端文库构建： 简化的流程允许生成独特的插入片段大小范围。
- 高效的样本利用： 与单端基因组DNA或cDNA测序所需的DNA量相同。
- 广泛的应用范围： 不需要DNA甲基化或限制性酶切；可用于亚硫酸氢盐测序。
- 简单的数据分析： 能够通过短插入片段文库实现高质量的序列组装。对标准单端文库制备流程进行简单修改，即可在一次双端测序中读取每个簇的正向和反向模板链。两条读取序列均包含长距离位置信息，从而实现高度精确的序列比对。
单端测序
- 成本效益： 该方案能够快速且经济地提供大量高质量的数据。
- 特定应用： 单端测序适用于某些特定方法，例如小RNA测序或染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）。
基因组和转录组双端测序
双端DNA测序
双端DNA测序的读取能够在包含重复序列的DNA区域提供高质量的比对，并通过填补共识序列中的缺口，为从头测序生成长连续序列（contigs）。双端DNA测序还可以检测常见的DNA重排，如插入、缺失和倒位。
双端RNA测序
双端RNA测序（RNA-Seq）能够支持发现性应用，例如在癌症中检测基因融合以及表征新的剪接异构体。2
对于双端RNA-Seq，Illumina提供了一种带有替代性片段化方案的试剂盒，随后进行标准的Illumina双端簇生成和测序。
特色产品
Illumina Stranded mRNA Prep
一种简单、可扩展、成本效益高且快速的单日解决方案，用于分析编码转录组。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
快速从多种样本类型中制备文库，用于研究编码和非编码转录组，具有卓越的研究灵活性。
更多应用与方法
Illumina测序介绍
本概述描述了主要的测序技术进步、关键方法、Illumina测序化学技术的基础知识以及更多内容。
结合NGS测序的ChIP实验
了解如何通过ChIP-Seq获得关于基因调控的无偏倚、全基因组范围的见解。
DNA测序方法
了解DNA测序如何通过多种方法应用于小的靶向区域或整个基因组。
更多资源
Illumina边合成边测序 (SBS)技术
见证SBS技术的实际应用。
Illumina测序平台
查看桌面式和生产规模的测序仪，并帮助您选择合适平台的资源。
比较短双端读数与长单端读数
了解在这篇论文中，短双端读数在相同测序长度下相比长单端读数的优势。
文库制备
创新的、全面的文库制备解决方案是Illumina测序工作流程的关键部分。
参考文献
- Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive.PLoS One. 2013;8(10):e77910.
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nat Rev Genet.2009;10:57-63.