双端与单端测序
什么是双端测序？
用户可使用双端测序方法对片段的两端进行测序，并生成高质量、可比对的测序数据。双端测序有助于检测基因组重排、重复序列元件、基因融合及新转录本。
除了在相同的时间内、开展相同文库制备工作的情况下产生两倍数量的read以外，作为read对进行比对的序列可以实现更准确的read比对，而且还能检测出单端测序数据无法检出的插入缺失（indel）变异。1所有Illumina新一代测序（NGS）系统都可用于双端测序。
双端测序的优势
- 简单的双端测序文库：简单的工作流程能够生成特定尺寸范围的插入片段
- 高效的样本利用：需要的DNA量与单端基因组DNA或cDNA测序相同
- 广泛的应用范围：无需DNA甲基化或限制性内切酶消化；可用于亚硫酸氢盐测序
- 简单的数据分析： 利用小插入片段文库进行高质量测序组装。对标准单端read文库制备过程进行简单的修改，便于在一次双端read期间读取每个簇的正向和反向模板链。两种read都包含长片段的位置信息，可提供高精度的read比对。
双端DNA测序
双端DNA测序read在含有重复序列的DNA区域上提供了高质量的匹配，并且通过填充共有序列中的缺口产生长重叠群以用于从头测序。双端DNA测序还能检测插入、缺失和倒位等常见DNA重排。
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双端RNA测序
双端RNA测序（RNA-Seq）可用于探索应用，如检测癌症基因融合、表征新的剪接亚型。2
对于双端RNA-Seq，先采用以下试剂盒和备选片段化实验方案，再进行标准Illumina双端簇生成和测序。
对于mRNA-Seq文库制备，请采用：
对于stranded total RNA文库制备，请采用：
单端测序
单端测序仅从一端开始DNA测序，是最简单的Illumina测序方法。该解决方案可快速、经济地提供大量的高质量数据。对于小RNA-Seq或染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）等方法，单端测序是很好的选择。
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参考文献
- Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive.PLoS One. 2013;8(10):e77910.
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nat Rev Genet.2009;10:57-63.