Cancer Epigenetics
为什么表观遗传学对癌症研究至关重要？
癌症是一种基因组疾病，但基因突变只是诱因之一。非基因改变也会影响表型。了解癌症的表观遗传图谱对于模拟癌症的发生、进展和治疗反应越来越重要。癌症表观遗传学研究可以观察细胞如何通过DNA甲基化等过程控制基因活性。
表观基因组技术能够识别与癌症基因调控或耐药性相关的细胞生物标志物：
- 染色质可及性
- 染色质相互作用
- DNA修饰，例如甲基化
- DNA-蛋白相互作用
研究癌症表观遗传变化的方法
ATAC-Seq评估染色质可及性
癌症研究人员可以利用ATAC-Seq研究整个基因组的表观遗传特征，而无需先了解调控元件。ATAC-Seq将基因组DNA暴露于Tn5，Tn5是一种高活性转座酶，可优先插入开放染色质位点并添加测序引物。随后进行的NGS分析（包括基因组或转录组分析）可深入了解整个基因组的染色质可及性。
染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）、甲醛辅助分离调控元件测序（FAIRE-Seq）或DNase I超敏位点测序（DNase-Seq）等几种传统方法可用于研究染色质-DNA相互作用位点区域，而ATAC-Seq则能揭示开放的染色质区域。
ATAC-Seq的主要优势
- 通过使用Tn5转座酶，研究人员可以避免对染色质进行敏感的酶解或对抗体进行严格的验证
- 可对珍贵的癌症样本进行检测，样本起始量要求低至500-50,000个细胞
- 精简的工作流程，耗时不到3小时，研究人员可以快速获得结果
- ATAC-Seq可与RNA-Seq配对使用，直接确定开放染色质区域是否正在表达
用于全基因组DNA甲基化研究的甲基化芯片
甲基化芯片让研究人员能够在单核苷酸水平上定量检测癌细胞表观基因组中的甲基化位点。基于芯片的解决方案提供了全面的全基因组覆盖，包括但不限于CpG岛、CHH位点、增强子、开放染色质和转录因子结合位点。作为一种高通量研究方法，与甲基化测序替代方法相比，每个样本的成本非常低。
甲基化芯片方案具有用户友好的简化工作流程，检测重现性＞98%，并且支持FFPE样本，这提高了甲基化芯片在生物样本库组织中的适用性。
甲基化芯片的主要优势
- 从样本到数据的简化
- 兼容复杂样本类型，例如FFPE样本
- 针对样本间组织特异性差异进行分类
- 与其他方法相比成本低
用于DNA-蛋白质相互作用研究的ChIP-Seq
强大的染色质免疫沉淀（ChIP）测序分析（ChIP-Seq）可确定全基因组范围内的转录因子和其他蛋白质的DNA结合位点。该方法可以进一步揭示在某些癌症的发生和发展中起重要作用的基因调控事件和生物学通路。因美纳提供高效的工作流程解决方案，使您能够使用ChIP-Seq进行关于基因调控的全基因组研究。
ChIP-Seq的主要优势
- 在任何生物体的整个基因组上捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点
- 定义转录因子结合位点
- 将RNA测序和甲基化分析结合于一体，揭示基因调控网络
- 支持多种起始量的DNA样本
用于癌症研究的表观遗传学分析产品
Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit
- 包含专家精选内容的芯片
- 每份样本覆盖超过850,000个甲基化位点，可达单核苷酸分辨率
- FFPE兼容性
iScan芯片扫描仪
- 高样本通量
- 灵活匹配多种应用
- 高数据质量
- 自动化兼容性
TruSeq ChIP Library Preparation Kit
- 从ChIP来源的DNA生成染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）文库
- 需要的DNA起始量低
- 使用24个唯一标签进行多重测序
癌症表观遗传分析的关键资源
表观遗传学在癌症研究中的重要性
该信息图可作为可视化指南，了解表观基因组学为何会极大地影响对癌症的理解。
利用甲基化芯片了解癌症生物学
癌症生物学专家讨论了将甲基化芯片应用于生物医学研究的诸多优势。
通过多组学推进癌症研究
了解如何通过多组学将复杂表型的因果联系起来，从而获得前所未有的发现。