废水监测是一种检测、识别和表征废水中病原体的方法。这种方法获取的数据有助于监测社区范围内的疫情和其他病原体危害。通过了解这些病原体分布,社区可以在公共卫生响应过程中更好地分配资源。废水中的基因组信息不仅可以用来确定社区中存在哪些病原体,还可以用来鉴定社区中可能存在的菌株类型和变异数量。
废水监测是检测和表征污水样本和污水处理厂中的病原体的重要工具。废水监测方法联合NGS技术,可以帮助我们加深对多种不同病原体的了解,包括RNA和DNA病毒、细菌和抗菌药物耐药性(AMR)标志物。这些信息对于追踪许多传染病的传播和制定有效的应对措施至关重要。
废水监测基于污水样本,有助于完善现有的监测方法,其优点包括:
SARS-CoV-2是COVID-19的致病病毒,存在于感染者的粪便中,并且出现在废水处理厂的样本中。利用废水测序方法来检测这些样本,可帮助公共卫生人员追踪病毒的传播,并识别新的变异,如广泛传播的B.1.17毒株。得益于废水监测,当地卫生社区可以采取行动,防止疾病传播,并在出现病例前至少两周,促使医院做好充分准备,以应对即将出现的感染爆发。
下载应用说明虽然废水监测方法已用于检测制药、化学和工业废物,但目前更为重要的是监测废水,以发现对当地社区有重大影响的抗生素耐药性标志物、细菌和病毒。 RT-PCR和新一代测序作为前沿的监测技术,用于检测公共卫生高风险病原体。请参阅下面的方法比较,了解两种废水测序方法的更多信息。
废水样本通常含有多种病原体和微生物,而临床样本通常只含有单一病原体。为了分析目标病原体,建议使用基于扩增子或富集的NGS文库制备方法。基于扩增子的方法使用引物特异性靶向微生物区域和/或单个病毒的全基因组,而富集方法使用探针杂交来捕获目标基因组。此外,鸟枪法宏基因组测序提供了分析样本中所有基因和微生物的全面方法。
获取全基因组测序(WGS)数据,以表征66种公共卫生高风险病毒,包括SARS-CoV-2、流感病毒、猴痘病毒和脊髓灰质炎病毒。
用于SARS-CoV-2监测的高通量新一代测序检测,可在研究中分析病毒基因组。
基于新一代测序(NGS)的呼吸道病原体Panel,可以高度灵敏地开展病原体全面检测,获取有关抗菌药物耐药性(AMR)的信息。
新一代测序(NGS)panel,可检测和定量170多种常见、不太常见、难以生长和经常遗漏的尿路病原体。
一种高度灵敏的NGS panel,可通过全面、快速的靶向富集测序对常见的呼吸道病毒(包括COVID-19病毒株)进行检测和表征。
从RNA到数据分析的一体化解决方案,用于复杂微生物样本(包括粪便)的宏转录组测序。
在本应用说明中,了解如何通过废水测序来检测社区中的SARS-CoV-2变异和其他呼吸道病毒,以实现传染病监测。
阅读文章,了解Biobot Analytics如何使用废水数据来预测COVID激增和其他疫情爆发情况。
阅读本科学文献,了解废水监测如何助力揭示COVID的早期传播。
参阅数据表,了解有关66个病毒基因组的NGS检测的更多信息,包括使用一体化全基因组测序和杂交捕获富集确定的对公共卫生具有重大风险的病毒。
本文展示了废水监测如何识别新出现的抗菌药物耐药性(AMR)威胁,以改善社区范围内的数据。
在本文献中,科学家们讨论了他们如何制定环境监测计划,以检测海地的非脊髓灰质炎肠道病毒和脊髓灰质炎病毒。