皮肤和肠道微生物组的宏转录组分析
了解研究人员如何利用宏转录组学来了解沼气厂中代谢活跃的微生物群落。
宏转录组学是对复杂微生物群落中表达的mRNA的整体性研究1。使用宏转录组测序来研究微生物群体中的基因表达，研究人员可以获得有关微生物在特定时间如何对特定环境做出反应的重要见解。对微生物组的RNA进行测序不仅可以揭示存在哪些微生物，还可以揭示它们的功能活动。
宏转录组测序
利用NGS的强大功能揭示微生物群体中的基因表达
什么是宏转录组学？
发掘群落层面转录信息的潜力
宏转录组学依托于新一代测序（NGS）技术，是一个在农业、生物技术、医学等领域有着广泛应用的研究领域1-4。除了提供有关复杂微生物群落行为和功能的数据外，宏转录组测序还可以提供有关群落环境或宿主的宝贵信息。
鉴于大量（数百万）基因的调控系统尚未得到充分研究，宏转录组学有望在群落层面从原生环境中获得重要的生物学见解。
NGS Workflow Finder
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特色在线讲座
人类宏转录组的功能分析
通过Scott Kuersten和Brice Le François博士的讲座，您可以了解到如何使用RiboZero Plus Microbiome对微生物多样性和代谢活动进行灵敏分析。
高宿主量和低生物量样本中的微生物组测序
Stefan Green博士讨论了高宿主量和微生物含量低的问题、PCR扩增偏差以及用于分析复杂微生物群落的替代方法。
利用宏转录组学进行微生物分析
了解Diversigen和DNA Genotek的科学家们如何为宏转录组研究开发工作流程，以及他们对这一研究领域在未来可能产生的影响的看法。
宏转录组学精选应用和出版物
识别微生物和植物中的功能关系
了解研究人员如何利用宏转录组学来了解沼气厂中代谢活跃的微生物群落。
揭示RNA病毒的多样性
了解宏转录组学在揭示令人惊讶的广阔RNA病毒世界中发挥的作用。
肺移植后肺部RNA病毒组的特征分析
了解研究人员如何利用宏转录组学揭示人肺部病毒组中RNA病毒的丰度和多样性。
研究弹状病毒宏转录组
了解这项研究如何提供有关弹状病毒的全面的系统发育信息，以更好地了解它们与植物的共同进化关系。
利用宏转录组学捕捉微生物组的动态变化
本文揭示了南极冰架下微生物群落的系统发育和功能多样性。
SARS-CoV-2与微生物组
了解科学家如何使用宏转录组来检测、追踪和识别SARS-CoV-2的生物标志物，以及该病毒如何影响呼吸道微生物组。
宏转录组测序工作流程
文库制备
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome
简化的RNA-Seq解决方案，用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析，具有出色的研究灵活性。
测序
将成熟的NGS技术与可调节的输出相结合，支持各种应用中的测序和芯片功能。
通过全面的工作流程增强研究发现能力。
实现超高的通量和准确性，可在生产规模开展数据密集型应用。
数据分析
BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics
对宏基因组样本进行分类和通路富集分析。
用于宏转录组学研究的核糖体RNA去除应用
了解如何优化复杂微生物样本的RNA测序工作流程，包括有关文库制备、测序以及使用直观的软件通过Illumina Ribo-Zero Plus Microbiome进行宏转录组分析的详细信息。下载此应用说明并开始关注转录组中更重要的部分，以了解微生物组在健康和疾病中的作用。
宏转录组常见问题解答
宏基因组学 是研究微生物群体样本中发现的所有基因5。相比之下，宏转录组学是研究群体表达的基因或转录组1。
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结果
16S rRNA测序是一种针对16S rRNA基因的测序方法，该基因仅存在于原核生物（即细菌和古细菌）中6。与宏转录组学或宏基因组学不同，16S rRNA测序无法检测病毒和真菌等其他微生物。虽然这种方法不易受到宿主DNA污染，但与宏转录组或宏基因组测序方法相比，它在检测功能信息和识别菌株/变体方面存在局限性。
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结果
可以使用市售的微生物组RNA提取试剂盒来提取RNA，RNA完整性指数（RIN）需要大于或等于5。
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结果
The BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics应用程序包含在Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion Kit中，它提供了用于进行全面的宏转录组分析的生物信息学工具。.
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结果
微生物组研究及其对生物技术的影响
了解全基因组鸟枪法测序和转录组学如何为研究人员提供重要数据，从而帮助他们改进药物的发现和开发。
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参考文献
- Mukherjee A, Reddy MS. Metatranscriptomics: an approach for retrieving novel eukaryotic genes from polluted and related environments. 3 Biotech. 2020; 10(2). doi: 10.1007/s13205-020-2057-1.
- Sharuddin SS, Ramli N, Yusoff MZM, et al. Advancement of Metatranscriptomics towards Productive Agriculture and Sustainable Environment: A Review. Int J Mol Sci. 2022; 23(7). doi: 10.3390/ijms23073737.
- de Vos WM, Tilg H, Van Hul M, et al. Gut microbiome and health: mechanistic insights. Gut. 2022; 71(5). doi: 10.1136/gutjnl-2021-326789.
- Saarenpää S, Shalev O, Ashkenazy H, et al. Spatial metatranscriptomics resolves host-bacteria-fungi interactomes. Nat Biotechnol. 2023 Nov 20. doi: 10.1038/s41587-023-01979-2.
- Metagenomics. National Human Genome Institute. genome.gov/genetics-glossary/Metagenomics. Accessed July 12, 2024.
- Janda JM, Abbott SL. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J Clin Microbiol. 2007 Sep;45(9):2761-4. doi: 10.1128/JCM.01228-07.