NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
Infinium CytoSNP-850K BeadChip是因美纳第一款SNP人类芯片，将国际团体的最新数据应用到了细胞基因组学研究中。
Infinium CytoSNP-850K BeadChip
一个由联盟构建的基于SNP的芯片，全面覆盖3,262个细胞遗传学相关基因，适用于先天性疾病和癌症研究。
iScan系统上每周960个样本（自动化，24个BeadChip/批次，每周2个批次/FTE/Tecan）。 在NextSeq 550系统上每周处理128个样本（每个批次8个BeadChip，每周处理2个批次/FTE/Tecan）。
样本通量
每个芯片8个样本
样本数量
固定标记物：约848，000 定制标记物添加容量：无
标志物数量
概述
主要特点
基于专家指导的全面覆盖
该基因列表依据临床基因组学国际合作（ICCG）1和癌症基因组学联盟（CGC）2的内容确定，可全面了解细胞遗传学活动。
检测低水平嵌合的高灵敏度
使用对SNP靶标具有高特异性的50 mer长探针可提高对低水平嵌合的灵敏度3，并为拷贝数中性杂合性缺失（LOH）提供高分辨率。高达15倍的微珠冗余提高了信噪比，可在整个基因组中实现准确的CNV和杂合性缺失（AOH）检出。
规格
| 分析时间 | 3天 |
|---|---|
| 实验分析方法类型 | Infinium HD Super |
| 自动化功能 | 自动化芯片装载器, 液体处理机器人 |
| 癌症类型 | 血液恶性肿瘤, 实体瘤 |
| 说明 | Infinium CytoSNP-850K BeadChip通过对3262个已知细胞遗传学相关基因的以疾病为中心的覆盖，实现了高分辨率分析，以发现有意义的染色体畸变。 |
| 手动操作时间 | 8个磁珠的自动化工作流程为1小时5分钟，手动8个磁珠的工作流程为6小时15分钟 |
| 起始量 | 200 ng DNA |
| 系统 | NextSeq 550 Desktop Sequencer, iScan |
| 方法 | 细胞基因组学芯片, 全基因组基因分型芯片 |
| 核酸类型 | DNA |
| 标志物数量 |
固定标记物：约848，000 定制标记物添加容量：无 |
| 样本数量 | 每个芯片8个样本 |
| 样本通量 | iScan系统上每周960个样本（自动化，24个BeadChip/批次，每周2个批次/FTE/Tecan）。 在NextSeq 550系统上每周处理128个样本（每个批次8个BeadChip，每周处理2个批次/FTE/Tecan）。 |
| 特殊的样本类型 | FFPE组织, 血液, 唾液 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina芯片 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 拷贝数变异（CNV） |
需要的产品
将您选择的试剂盒大小与每次运行的样本数量相匹配。每个试剂盒均按单批次处理，不可用于多个实验。如果要处理多个低通量批次，请订购多个小型试剂盒。
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结果
应用
Infinium CytoSNP-850K BeadChip芯片包含约85万个覆盖基因组的SNP，可富集3262个已知相关的基因，使研究人员能够研究染色体畸变对体质和癌症应用的影响。
工作流程示例
相关应用和方法
新一代测序和芯片技术使体质和癌症研究中的染色体畸变的细胞遗传学分析成为了可能。
我们的染色体芯片能够可靠地检测出与体质性疾病相关的拷贝数和等位基因失衡。
Illumina的肿瘤基因检测和癌症检测技术是被全世界很多实验室采用及信赖的技术之一。我们致力于推进肿瘤基因检测，癌症诊断和治疗的方式，以及推进癌症检测的个体化发展。
文档
产品资料
Support documentation
- Infinium Assay Lab Setup and Best Practices
- Infinium CytoSNP-850K BeadChip Checklist
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- Infinium CytoSNP-850K BeadChip Assay Reference Guide
- Infinium LiHa and Infinium RoMa Operating Manual
- Infinium Assay Consumables and Equipment List
- CytoSNP-850K BeadChip支持
- 全部 CytoSNP-850K BeadChip支持 Support
比较
| Infinium CytoSNP-850K BeadChip | Infinium Global Diversity Array with Cytogenetics-8 | Infinium Global Screening Array with Cytogenetics-24 | |||
|---|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 3天 | 3天 | 3天 | ||
| 实验分析方法类型 | Infinium HD Super | ||||
| 自动化功能 | 自动化芯片装载器, 液体处理机器人 | 自动化芯片装载器, 液体处理机器人 | 自动化芯片装载器, 液体处理机器人 | ||
| 癌症类型 | 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | ||
| 说明 | Infinium CytoSNP-850K BeadChip通过对3262个已知细胞遗传学相关基因的以疾病为中心的覆盖，实现了高分辨率分析，以发现有意义的染色体畸变。 | 8样本Infinium Global Diversity Array with Cytogenetics-8可广泛靶向覆盖整个基因组中的4800多个关键基因。BeadChip中包含约180万个标记物，可高度覆盖疾病相关区域的外显子，提供高度准确的拷贝数变异检出，平均分辨率为1.5 Mb。 | 24样本Infinium Global Screening Array with Cytogenetics-24可靶向覆盖整个基因组中的4800多个关键基因。BeadChip芯片上包含约700K个标记，可在疾病相关区域实现高外显子覆盖度，提供高度准确的拷贝数变异检出，平均分辨率为2.5 Mb。 | ||
| 手动操作时间 | 8个磁珠的自动化工作流程为1小时5分钟，手动8个磁珠的工作流程为6小时15分钟 | 8个磁珠的自动化工作流程仅需1小时5分钟 | 8个磁珠的自动化工作流程仅需1小时5分钟 | ||
| 起始量 | 200 ng DNA | 200 ng DNA | 200 ng DNA | ||
| 系统 | NextSeq 550 Desktop Sequencer, iScan | iScan | iScan | ||
| 方法 | 细胞基因组学芯片, 全基因组基因分型芯片 | 细胞基因组学芯片, 全基因组基因分型芯片 | 高通量基因分型芯片, 细胞基因组学芯片 | ||
| 核酸类型 | DNA | DNA | DNA | ||
| 标志物数量 |
固定标记物：约848，000 定制标记物添加容量：无 |
||||
| 样本数量 | 每个芯片8个样本 | 每个芯片8个样本 | 每张芯片24个样本 | ||
| 样本通量 | iScan系统上每周960个样本（自动化，24个BeadChip/批次，每周2个批次/FTE/Tecan）。 在NextSeq 550系统上每周处理128个样本（每个批次8个BeadChip，每周处理2个批次/FTE/Tecan）。 | ||||
| 特殊的样本类型 | FFPE组织, 血液, 唾液 | 血液, FFPE组织, 口腔拭子, 唾液 | 血液, FFPE组织, 口腔拭子, 唾液 | ||
| 物种 | 人 | 人 | 人 | ||
| 技术 | Illumina芯片 | Illumina芯片 | Illumina芯片 | ||
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 拷贝数变异（CNV） |
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图
Infinium CytoSNP-850K BeadChip覆盖度
Infinium CytoSNP-850K BeadChip包含约850K个经验选择的单核苷酸多态性（SNP），覆盖基因组。这种高密度的SNP实现了高分辨率的分析，可发现有意义的染色体畸变。
| 探针间隔 | 平均距离 |
| 靶向区域的探针间隔 |
约1 kb |
| 靶向区域的分辨率 |
约10 kb |
| 基因组骨架的探针间隔 |
约5 kb |
| 总体的探针间隔 |
约1.8 kb |
| 总体的有效分辨率 |
约18 kb |
Infinium CytoSNP-850K BeadChip标记信息a
| 标志物类别b | iScan系统 |
| 标志物总数 |
848,902 |
| RefSeq基因 |
467,422 |
| RefSeq +/- 10 kb |
541,515 |
| ADME基因 |
15,153 |
| ADME +/- 10 kb |
18,590 |
| COSMIC基因 |
418,131 |
| HLA标志物 |
5145 |
| HLA基因 |
276 |
| GO基因 |
137,873 |
| 外显子区域 |
68,801 |
| 启动子区域 |
26,814 |
| X染色体标志物 |
29,894 |
| Y染色体标志物 |
1197 |
| PAR/同源标志物 |
728 |
a. 数值从检测清单文件中获取。由于每台仪器处理BeadChip需要不同的清单/产品文件，所以数字会产生变化。
b. 与人类基因组问题hg19参考基因组相比。缩写：ADME，吸收、分布、代谢、排泄；COSMIC，癌症的体细胞突变目录；MHC，主要组织相容性复合物；HLA，人类白细胞抗原；PAR，假常染色体区域
相关资源
庆祝Infinium芯片支持的进展
了解Infinium芯片产品的全面套装，该产品旨在为靶向和全基因组研究提供出色的数据质量和高密度基因组覆盖。
Infinium CytoSNP-850K v1.4 Beadchip Kit (8 Samples)
20103480
针对体质性和癌症细胞遗传学应用进行了优化。BeadChip可处理8个样本，分析850，000个单核苷酸多态性（SNP），包括拷贝数变异（CNVS）和杂合性缺失（AOH）。每个试剂盒内有1个BeadChip和可用于8个DNA样本的扩增、片段化、杂交、标记以及CNV和AOH检测试剂。
Infinium CytoSNP-850K v1.4 Beadchip Kit (16 Samples)
20103481
针对体质性和癌症细胞遗传学应用进行了优化。BeadChip可处理8个样本，并分析850，000个单核苷酸多态性（SNP），包括拷贝数变异（CNVS）和杂合性缺失（AOH）。每个试剂盒内有2个BeadChip和可用于16个DNA样本的扩增、片段化、杂交、标记以及CNV和AOH检测试剂。
Infinium CytoSNP-850K v1.4 Beadchip Kit (48 Samples)
20103482
针对体质性和癌症细胞遗传学应用进行了优化。BeadChip可处理8个样本，并分析850，000个单核苷酸多态性（SNP），包括拷贝数变异（CNVS）和杂合性缺失（AOH）。每个包装包含6个BeadChip芯片，以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测48个DNA样本的CNV和AOH的试剂。
Infinium CytoSNP-850K v1.4 Beadchip Kit (96 Samples)
20103483
针对体质性和癌症细胞遗传学应用进行了优化。BeadChip可处理8个样本，并分析850，000个单核苷酸多态性（SNP），包括拷贝数变异（CNVS）和杂合性缺失（AOH）。每个包装包含12个BeadChip芯片，以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测96个DNA样本的CNV和AOH的试剂。
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常见问题解答
FFPE样本可在CytoSNP-850K上使用Infinium FFPE QC Kit和Infinium FFPE Restore Kit运行。
CytoSNP-850K支持页面可下载FFPE特定的清单和簇文件。
可以使用CytoSNP-850K Lab Planner工具创建批量导入文件。生成批量导入.txt文件后，请转到文件|批量|批量导入，找到批量导入文件，然后单击打开。
更多信息请参阅BlueFuse Multi软件指南的导入24sure和BeadArray实验部分。
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结果
MiSeq Reagent Kit v3
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
TruSight One Sequencing Panel
以高分析灵敏度和特异性靶向外显子中疾病相关区域的全面测序研究panel。
Infinium® FFPE QC and DNA Restoration Kit
评估样本质量，并修复降解的FFPE DNA样本用于Infinium芯片分析。
Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit
可靠的甲基化分析芯片，广泛覆盖CpG岛、基因和增强子，用于全表观基因组关联研究。
参考文献：
1. 临床基因组资源。www.clinicalgenome.org。Accessed December 12, 2022.
2. 癌症基因组学联盟。www.cancergenomics.org。Accessed December 12, 2022.
3. Conlin LK, Thiel BD, Bonnemann CG, et al. Mechanisms of mosaicism, chimerism and uniparental disomy identified by single nucleotide polymorphism array analysis. Hum Mol Genet. 2010；19（7）：1263-75. doi：10.1093/hmg/ddq003。
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