农业联盟

RosBREED苹果联盟

苹果基因分型panel由RosBREED开发，这是一个多机构跨国项目，致力于使用靶向基因组学应用和工具改良蔷薇科作物，提高育种项目的效率。SNP已被开发用于全球育种种质，其中包括基于桑格法的eSNP和从27个重要初始种质的双端测序中鉴定的SNP。社区提供了用于苹果基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制苹果基因分型芯片80,000多个扩展标记的基础内容。

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• Genomics Approaches to Crop Improvement in the Rosaceae

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• DesignStudio Microarray Assay Designer（设计和订购完全定制或半定制Infinium基因分型BeadChip）

Barley50K联盟

Barley 50K联盟芯片具有约44,000个SNP，它们源于170份精心挑选的大麦种质资源的外显子组捕获数据。该芯片涵盖了大量欧洲种质中存在的遗传变异。Barley 50K联盟芯片是最近发布的大麦假分子基因组组装，由James Hutton研究所设计。

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该联盟相关文献和信息的链接

• 麦芽SNP平台，James Hutton研究所Barley 50K SNP平台
• Barley 50k iSelect SNP芯片的开发与评估

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国际芸苔属植物SNP联盟

SNP是从80个B. napus品系、4个B. oleracea品系和4个B. rapa品系中提取并验证的，因此适用于任何芸苔属A或C基因组物种。可以预见，B. napus种质中具有多态性的SNP数量最多。国际芸苔属植物SNP联盟提供了多达16个独立的SNP来源，并在SNP选择中加以考虑。这些数据集来自80多个芸苔属品系，包括转录组和基因组的新一代测序数据。13,000多个SNP经过了多个实验室的验证，确保了独立SNP探索途径的效能。社区为此产品开发了簇文件，其中该簇文件的开发主要由TraitGenetics、GmbH以及加拿大农业及农业食品部完成。此芯片最多可添加30,000个额外标记的扩展内容，获得真正定制的芸苔属基因分型芯片。

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• Identification of genome-wide single nucleotide polymorphisms in allopolyploid crop Brassica napus
• A High-Density SNP Map for Accurate Mapping of Seed Fibre QTL in Brassica napus L

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RosBREED樱桃联盟

樱桃基因分型panel由RosBREED开发，这是一个多机构跨国项目，致力于使用靶向基因组学应用和工具改良蔷薇科作物，提高育种项目的效率。SNP已被开发用于全球育种种质，其中包括基于桑格法的eSNP和从16个重要初始甜樱桃种质和8个初始酸樱桃种质的双端测序中鉴定的SNP。社区提供了用于RosBREED樱桃基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制樱桃基因分型芯片80,000多个扩展标记的基础内容。

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• Another major milestone accomplished for peach and cherry genetics
• Development and Evaluation of a Genome-Wide 6K SNP Array for Diploid Sweet Cherry and Tetraploid Sour Cherry

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国际棉花SNP联盟

国际棉花SNP联盟的基因分型panel是一个含有70,000个标记的芯片，利用了Gossypium hirsutum、G. barbadense、G. tomentosum和G. mustelinum的SNP来开发。少数尝试的微珠类型将用于G. longicalyx和G. armourianum。此panel具有多种用途，包括遗传多样性分析、遗传谱图分析、QTL分析、候选基因发现、分子标记辅助育种、基因组选择和基因组序列组装。在包括澳大利亚、美国、印度和中国Gossypium hirsutum品种的种质系上开发并验证了种内SNP。该panel适合作为定制棉花基因分型芯片20,000多个扩展标记的基础内容。

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• A ‘SNP chip’ will help cotton breeding researchers take giant leap
• Development of a Cotton SNP Chip from International Consortium-based Collaborations
• A Cotton SNP Chip Derived from International Consortium-Based Collaborations
• COTTON “SNP CHIP” Illumina BeadArray

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国际豇豆联盟

国际豇豆SNP联盟基因分型panel是一种工具，通过促进有着理想性状的豇豆新品种的开发，如产量和品质更高、抗病性、抗虫性和抗旱性，以满足世界人口不断增长的需求。其重点在于强调撒哈拉以南非洲地区和美国产区内育种种质的多样性。大量的内容也针对中国的育种种质。社区已计划提供用于豇豆基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制豇豆基因分型芯片30,000多个扩展标记的基础内容。

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• DesignStudio Microarray Assay Designer（设计和订购完全定制或半定制Infinium基因分型BeadChip）

（提供商业化BeadChip）

玉米的种植要追溯到10,000年前的中美洲，如今它已经遍布全球50多个国家，且2009年的产量超过8亿吨。MaizeSNP50联盟包括TraitGenetics、法国国立农业研究院（INRA）和Syngenta等机构的研究人员。内容提供者和决策者与Illumina合作，开发了一款InfiniumHD BeadChip芯片，以便在这一重要的农作物上开展全基因组关联研究。

• MaizeLD BeadChip是确定玉米中基本衍生品种状态的最可靠的标准平台。利用这一经济高效、低密度的双用途SNP芯片，育种人员可以克服与玉米近交品系基本衍生品种状态（EDV）相关的挑战，或者进行全基因组标记筛选，促进育种项目。MaizeLD BeadChip的3047个SNP的检出率为99.4%，重现性为99.9%，为玉米育种应用提供了理想的基础，并能够向定制项目中加入更多的SNP。研究人员可在MaizeLD BeadChip中加入多达70,000个定制标记，以支持基因组选择、分子标记辅助育种、品种鉴定、遗传纯度评估和其他应用。
• MaizeSNP50 BeadChip包括50,000多个标记，它们来自B73参考序列，均匀分布在整个玉米基因组上。

Wheat-Barley40K

Wheat Barley 40K v1.0 BeadChip采用经过验证的Infinium Assay技术，可提供业内最高的检出率，兼具灵活的内容设计。凭借对全球小麦和大麦品种的强大填充能力，这款BeadChip支持多种应用，包括：

• H. vulgare种质表征；六倍体小麦（从面包用小麦到合成小麦）；四倍体小麦（从T. diccocum到T. durum）
• 性状剖析，可从全基因组关联研究（GWAS）到遗传谱图分析
• 分子标记辅助育种
• 基因组预测
• 追踪近缘物种的性状基因渗入情况

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该联盟相关文献和信息的链接

• 支持多物种杂交的育种和研究应用的新型可填充SNP芯片设计

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• 数据表Infinium™ Wheat Barley 40K v1.0 BeadChip
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燕麦联盟

这款私有芯片之前由USDA ARS、拿大农业及农业食品部、General Mills、NAMA、USDA AFRI（NIFA）和POGA开发，而该联盟已经慷慨地表示愿意向更多感兴趣的研究人员提供。此芯片适合添加80,000多个SNP的扩展内容，作为定制的燕麦基因分型芯片。

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RosBREED桃子联盟

樱桃基因分型panel由RosBreed开发，它是一个多州、多机构跨国项目，致力于使用靶向基因组学应用和工具改良蔷薇科作物，提高育种项目的效率。开发的SNP用于全球育种种质，包括基于Sanger的eSNP和从23个重要初始种质的双端测序中鉴定的SNP。社区提供了用于RosBREED桃子基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该芯片适合作为定制桃子基因分型芯片80,000多个扩展SNP标记的基础内容。

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• Genomics Approaches to Crop Improvement

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辣椒联盟

辣椒联盟芯片旨在实现多个辣椒品种高性价比的基因分型。这款芯片由TraitGenetics GmbH、加州大学戴维斯分校（UC Davis）和Illumina组成的联盟开发的，源自22个辣椒品系的高质量测序数据，包括甜椒和辣椒。芯片包含16,405个SNP。UCD/TraitGenetics很快将向社区提供簇文件。

该panel适合作为定制辣椒基因分型芯片50,000多个扩展标记的基础内容。

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• Ashrafi H, Hill T, Stoffel K, et al.De novo assembly of the pepper transcriptome (Capsicum annuum): a benchmark for in silico discovery of SNPs, SSRs and candidate genes.BMC Genomics.2012;13:571.

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SolCAP土豆联盟

土豆基因分型panel由茄科协调农业计划（SolCAP）开发。SNP发现工作是利用来自Kennebec、Bintje和Shepody EST的基于桑格法的SNP，以及通过Illumina转录组测序鉴定出的SNP完成的。社区已经提供了簇文件，用于土豆种质的快速自动化分析。该SolCAP土豆联盟Beadchip适合作为定制土豆基因分型芯片70,000多个扩展标记的基础内容。

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• SolCAP Potato信息
• SolCAP Potato Infinium SNP平台
• SolCAP: Translating Solanaceae Sequence Diversity and Trait Variation into Applied Outcomes Through Integrative Research, Education, and Extension
• Population structure and linkage disequilibrium in diploid and tetraploid potato revealed by genome-wide high-density genotyping using the SolCAP SNP array

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Sorghum联盟

Sorghum联盟芯片具有大约50,000个SNP，涵盖97%以上的S. bicolor基因，平均每13.5kb就有一个SNP。该芯片包含来自S. bicolor参考基因组的约34,000个基因、用于育种的约8,500个SNP、约22,700个SNP外显子基因、约4,200个位于剩余基因上游/下游5kb内的SNP以及Brenton等人确定的其他靶点。Sorghum联盟芯片让研究人员能够以较低的成本检测全球高粱种群中的常见/稀有突变。

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• 用于开发、改良和利用高粱开发生物能源的基因组资源

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BARCSoy6K联盟

BARCSoy6K panel由大豆基因组和改良实验室、贝尔茨维尔农业研究中心（BARC）开发，旨在让大豆社群获得更好的产品。它适用于数量性状位点（QTL）分析、筛选大豆种质并提供均匀覆盖基因组的基础内容，适合那些有意开发附加内容的团体，建立更高密度的定制大豆panel。社区提供了用于大豆基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制大豆基因分型芯片84,000多个扩展探针的基础内容。

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• Update on SNP Genotyping of the USCA Soybean Germplasm Collection
• Development and Evaluation of SoySNP50K, a High-Density Genotyping Array for Soybean

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SolCAP番茄联盟

SolCAP番茄基因分型panel由茄科协调农业计划（SolCAP）设计，其重点在于将最新的基因组学进展转化为茄科育种项目。SNP包括来自TA496 EST和Heinz 1706（加工用番茄）品系的基因组测序基于桑格法的eSNP，以及NC84173（新上市）、FL7600（新上市）、OH08-6405（新上市）、OH9242（加工用番茄）、PI114490（樱桃）和PI128216（S. pimpinellifolium）品系由Illumina转录组测序鉴定的SNP。SolCAP生成了4个培养品种、1个S. lycopersicum var. cerasiformae种质和1个S. pimpinellifolium种质的测序数据。社区提供了用于SolCAP番茄SNP芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。它适合作为定制番茄基因分型芯片80,000多个扩展标记的基础内容。

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• SolCAP番茄基因分型数据
• High-Density SNP Genotyping of Tomato (Solanum lycopersicum L.) Reveals Patterns of Genetic Variation Due to Breeding

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国际葡萄ReSeq联盟

葡萄基因分型panel由GrapeReSeq联盟设计，这是新技术转化植物联盟的研究项目，其成员来自法国、西班牙、意大利和德国。SNP包括来自经Infinium技术验证的Vitis9kSNP集公共SNP数据以及合作产生的新内容。这个SNP基因分型工具适用于定位和评估葡萄科基因库的遗传多样性，以支持遗传资源和育种项目的开发，这将减少葡萄栽培中的化学处理。社区提供了用于GrapeReSeq联盟基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制葡萄基因分型芯片70,000多个扩展标记的基础内容。

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• Development of marker sets useful in the early selection of Ren4 powdery mildew resistance and seedlessness for table and raisin grape breeding
• Vitis Phylogenomics: Hybridization Intensities from a SNP Array Outperform Genotype Calls
• 葡萄参考基因组序列

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（提供商业化BeadChip）

由于其经济价值，牛是第一个获得基因组图谱的家畜。Illumina已经与多个联盟合作，开发出Infinium BeadChip芯片，芯片内有代表三个肉牛和奶牛群体遗传多样性的新SNP位点，包括Bos taurus tauru（Btt）、Bos taurus indicus（Bti）和一些Bti x Btt杂交品种，以及这些群体中适应温带和热带的品种。这些BeadChip芯片让研究人员能够分析任何牛品种基因组中的遗传变异。

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• BovineHD BeadChip是与USDA-ARS、UNCEIA-INRA、辉瑞制药动物遗传中心和密苏里大学合作开发的，它是最全面的全基因组基因分型芯片，具有777,962个SNP，它们均匀分布在整个牛基因组上。
• 屡获大奖的BovineSNP50 BeadChip是与USDA-ARS、USDA-MARC、密苏里大学和阿尔伯塔大学合作开发的，具有54,609个高信息量的SNP探针，它们均匀分布在整个牛基因组上。

Equine80K

Equine80K具有约80,000个SNP，涵盖：

• 在全部31对家马常染色体和X染色体上使用等间距的标记进行基因组筛选（每条染色体的平均标记距离为29 - 35 kb）
• 与之前的全基因组SNP基因分型系统之间保持最佳连续性（超过85%的SNP来自之前的芯片）
• 面向应用整合新标记，实现了马科研究界期待已久的可用性升级
• 使用ISAG参考panel支持基于SNP的亲缘鉴定
• 通过广泛的性状相关SNP和因果SNP将获得的遗传特征相关信息最大化
• 超过76,000个SNP在多品种评估中展现出了异常强大的性能（平均SNP检出率＞99%），为研究和实践提供了可靠的依据
• 使用已有的基础设施和流程进行SNP基因分型及其相关服务，可在全球范围内进行高效分析

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国际山羊基因组联盟

山羊基因分型panel由国际山羊基因组联盟开发。SNP发现中考虑了该联盟生成的几个数据集，包括山羊基因组框架的从头组测序、来自新一代测序的SNP发现测序数据以及表达（EST）序列的测序数据。山羊基因分型panel的SNP使用表达序列和来自绵羊基因组的数据一起进行注释。在Alpine、Angora、Boer、Creole、Jinlan、Katjang、Saanen、Savanna和Skopelos品种上对候选山羊SNP进行了验证。社区提供了用于山羊基因分型芯片的簇文件，适用于各种规模项目的快速自动化分析。该panel适合作为定制山羊基因分型芯片30,000多个扩展标记的基础内容。

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• Towards a 50K International goat SNP chip
• Design and Characterization of a 52K SNP Chip for Goats

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（提供商业化和联盟BeadChip）

在绵羊产业中，最重要的动物是"培育公羊的公羊"，这种动物繁育了整个行业中所使用的公羊。通过对数以千计的公羊进行基因分型，研究人员可评估重要经济性状的大量变异。为了开发绵羊BeadChip芯片，Illumina与国际绵羊基因组联盟（ISGC）合作，这个联盟包括来自AgResearch、贝勒大学、UCSC以及澳大利亚联邦科学与工业研究组织（CSIRO）的主要研究人员。为了开发低密度的绵羊芯片，Illumina与在新西兰的AgResearch进行了合作。

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• OvineSNP50 BeadChip是高密度芯片，具有代表多个绵羊品种和群外物种54,000多个SNP，全基因组绵羊研究提供了全面的解决方案。
• AgResearch绵羊低密度填补工具由约5,000个SNP构成，用于对OvineSNP50 BeadChip进行填补。
• OvineHD（AgResearch的SheepHD）

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（提供商业化BeadChip）

猪平均每胎产崽8–14个，是最高产的家畜动物之一。在开发猪BeadChip芯片的过程中，Illumina与国际猪SNP芯片联盟合作，它包括来自瓦赫宁根大学、丹麦农业科学研究所、USDA-ARS、USMARC、罗斯林研究所、伊利诺伊大学、爱荷华州立大学、INRA、密苏里大学和剑桥大学的研究人员。

• PorcineSNP60 BeadChip具有62,000多个SNP，已在7个重要经济品种上进行了验证，包括杜洛克猪、长白猪、皮特兰猪和大白猪，让研究人员能够经济高效地开展猪基因组的全基因组研究。