NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
Infinium Methylation Screening Array是用于群体健康研究的经济且高度可扩展的表观基因组学工具。
Infinium Methylation Screening Array-48 Kit
针对群体健康研究优化的超可扩展甲基化芯片。非常适合>1，000个样本的研究，最多数百万个样本。
每周16，128个样本
样本通量
每个芯片48个样本
样本数量
概述
主要特点
针对人群中常见疾病的大量信息
出色的样本处理效率
可靠的甲基化数据和简单的信息学
性能参数
所需产品
EX Methylation工作流程需要使用带有ILASS和iScan的Infinium自动移液系统。对于刚接触Infinium且尚未拥有XT入门套件的客户，需要使用Infinium EX/XT入门套件。AutoLoader 2.x是将微珠芯片自动上样到iScan的可选设备。
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结果
应用
Methylation Screening Array为群体健康研究提供了经济实惠的大规模表观遗传学分析。
工作流程示例
相关应用和方法
文档
支持文档
比较
| Infinium Methylation Screening Array-48 Kit | Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 自动化功能 | 自动化芯片装载器, 液体处理机器人 | 自动化芯片装载器 | |||
| 说明 | 针对群体健康应用的已知常见疾病关联进行高度可扩展且经济实惠的甲基化分析。非常适合>1，000个样本和多达数百万个样本的研究。 | Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip是一款全基因组甲基化筛查工具，具有专家精选的增强功能内容。该试剂盒在iScan或NextSeq 550系统上处理，遵循简单、用户友好的工作流程，无需样本混合和标签。 | |||
| 起始量 | 50 ng DNA | 250 ng DNA | |||
| 系统 | iScan | NextSeq 550桌面式基因测序仪, 研究模式下的NextSeq 550Dx, iScan | |||
| 方法 | 甲基化 芯片 | 甲基化 芯片 | |||
| 样本数量 | 每个芯片48个样本 | 每个芯片8个样本 | |||
| 样本通量 | 每周16，128个样本 | 3024 samples per week on a single iSCAN | |||
| 特殊的样本类型 | 低起始量样本 | 血液, FFPE组织, 游离DNA, 唾液 | |||
| 物种 | 人 | 人 | |||
| 技术 | Illumina芯片 | Illumina芯片 | |||
| 变异类别 | 差异甲基化胞嘧啶 | 差异甲基化胞嘧啶 |
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图
高度可重现的甲基化结果——（A）Infinium Methylation Screening Array和Infinium MethylationEPICv2.0 BeadChip之间的甲基化结果高度相关。（B）甲基化结果表明，在Infinium Methylation Screening Array上分析的重复样本之间具有出色的重现性。
Infinium Methylation Screening Array上的标记高度富集于不同性状类型的已知性状相关CpG中——根据性状关联的证据选择甲基化筛查芯片（MSA）上的标记，与Infinium MethylationEPICv2.0（EPICV2）上的性状富集相比。
| Infinium Methylation Screening Array-48 用于群体健康研究的靶向甲基化筛查 |
|
|---|---|
| 推荐应用 | 常见疾病研究（非癌症） 环境流行病学 群体基因组学 消费者基因组学 |
| 关注内容 | 已知的常见疾病特征关联 已知的环境暴露关联 细胞类型特异性甲基化 中间甲基化 检测高MAF SNP的多组学能力 |
| 甲基化位点总数 | 270K |
| 每张BeadChip芯片的样本数 | 48 |
| DNA起始量要求 | 50 ng |
| 检测技术 | Infinium EX Methylation |
| 测序仪兼容性 | iScan |
| iScan系统最大样本通量a | 每周16，128个样本 |
| 液体处理自动化 | Infinium自动移液系统， ILASS（必填） |
a 近似值、扫描时间和最大通量因实验室和系统配置而异。此处列出的样本通量是通过集成AutoLoader 2.x自动芯片上样实现的。
Infinium Methylation Screening Array和Infinium MethylationEPICv2.0 BeadChip内容的高级比较
| Infinium Methylation Screening Array | Infinium MethylationEPIC v2.0 | |
|---|---|---|
| 独特位点总数 | 269,094 | 930,301 |
| CpG | 262,470 | 926,849 |
| 来自Infinium甲基化芯片 | 161,569 | - |
| 来自测序研究和数据库 | 101,901 | - |
| CpH | 2776 | 2914 |
| 来自Infinium甲基化芯片 | 308 | - |
| 来自测序研究和数据库 | 2468 | - |
| SNP rsID | 3848 | 538 |
| 来自Infinium甲基化芯片 | 64 | |
| 来自测序研究和数据库 | 3784 |
先前在Infinium Methylation Screening Array上已验证的性状相关内容
| 性状类别 | 靶向性状关联的探针数量 |
|---|---|
| 发育/衰老 | 102,533 |
| 环境暴露 | 44,043 |
| 炎症/自身免疫性疾病 | 41,894 |
| 祖源 | 31,843 |
| 性别 | 23,806 |
| 传染性疾病 | 14,844 |
| 代谢疾病 | 13,739 |
| 罕见遗传病 | 13,429 |
| 神经/神经发育疾病 | 8874 |
| 身体特征（身体形态） | 8109 |
| 精神障碍 | 7280 |
| 心血管疾病 | 7007 |
| 生殖生物学/健康 | 6999 |
| 神经退行性疾病 | 4733 |
| 肺/呼吸道疾病 | 1748 |
| 肾脏疾病 | 982 |
固定内容 (3)
Infinium Methylation Screening Array-48 v1.0 Kit (48样本)
20112611
优化的甲基化芯片，具有252K个标记，用于高通量常见疾病研究<(>和<)>筛查。试剂盒包含1个48个样本的BeadChip芯片和亚硫酸氢盐转化后处理48个样本所需的所有试剂。需要使用iScan系统和带有ILASS的Infinium自动移液系统。
Infinium Methylation Screening Array-48 v1.0 Kit (96样本)
20112612
优化的甲基化芯片，具有252K个标记，用于高通量常见疾病研究<(>和<)>筛查。试剂盒包含2个48个样本的BeadChip芯片和在亚硫酸氢盐转化后处理96个样本所需的所有试剂。需要使用iScan系统和带有ILASS的Infinium自动移液系统。
Infinium Methylation Screening Array-48 v1.0 Kit (1,152样本)
20112613
优化的甲基化芯片，具有252K个标记，用于高通量常见疾病研究<(>和<)>筛查。试剂盒包含24个48个样本的BeadChip芯片和在亚硫酸氢盐转化后处理1，152个样本所需的所有试剂。需要使用iScan系统和带有ILASS的Infinium自动移液系统。
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Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip提供了一种全面的全基因组发现工具，包含约93万个CpG位点，覆盖＞99%的RefSeq基因，包含启动子和增强子为重点的内容。 Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip非常适合需要对所有基因和启动子区域进行甲基化分析以实现最大发现能力的项目。它还覆盖了关键癌基因、与FFPE组织的兼容性以及拷贝数变异分析功能，是所有肿瘤学应用的理想选择。
Infinium Methylation Screening Array为群体健康项目的常见疾病研究提供了一种更具成本效益的甲基化筛查工具。过去十年中， 约27万个甲基化位点专注于表观基因组关联研究的已知性状关联，以及涵盖细胞类型特异性甲基化、中间甲基化、CoRSIV、SNP等的新内容。Infinium Methylation Screening Array非常适合大规模全表观基因组关联研究（EWAS）和生物样本库筛查项目。
Infinium Methylation Screening Array数据表中提供了全面的产品比较表。
是的，Methylation Screening Array需要EX Methylation工作流程，而EPICv2.0使用HD Methylation工作流程。EX Methylation通过48个样本的EX BeadChip和自动化实现了新的样本处理效率，DNA起始量低至50 ng。EX Methylation工作流程需要使用带有ILAS的Infinium自动移液系统进行自动化液体处理。
虽然因美纳产品清单文件提供了基本的基因组图谱注释，但Zhou Lab Infinium Annotations GitHub页面提供了详细的注释，包括Infinium Methylation Screening Array涵盖的性状关联。
由于以下原因，不建议将Ifinium Methylation Screening Array用于肿瘤学应用：
· FFPE兼容性未验证
· 对于广泛使用的癌症分类方法，探针覆盖度不足
· 不覆盖MGMT启动子甲基化
· 分析拷贝数变异的能力有限
· 每个BeadChip芯片48个样本的最小批量越大，结果的周转时间可能会更长
因美纳提供用户友好的工具来分析Methylation Screening Array中内置的Infinium质控品。有关详细信息，请访问甲基化芯片数据分析提示页面。
可以，服务型实验室可以使用GenomeStudio Methylation Module质控品面板来评估检测性能。对于下游甲基化分析，建议使用SeSAMe等Bioconductor软件包。
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结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit
可靠的甲基化分析芯片，广泛覆盖CpG岛、基因和增强子，用于全表观基因组关联研究。
Infinium Mouse Methylation BeadChip
在整个甲基化组中具有超过285,000个标记，用于对多种小鼠品系进行高分辨率表观遗传学分析。
Infinium Custom Methylation Kit
完全可定制的甲基化芯片，适用于大型靶向表观遗传学应用。
Infinium自动化选项包
用于Infinium分析的机械控制软件提供自动化选项，可简化样本制备工作流程并减少错误。
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