自从因美纳第一款Methylation BeadChips发布以来，用户社区通过开发用于高级甲基化数据分析的软件包，推进其广泛采用。 虽然核心实验室仍然使用GenomeStudio进行基本的质量控制，但第三方Bioconductor软件包为下游分析提供了丰富多样的功能。 最常用的两个软件包为SeSAMe和minfi，它们都可提供Infinium Methylation BeadChip的端到端数据分析，包括高级质量控制、最新的归一化技术、差异甲基化分析和可视化功能。
针对BeadChip处理实验室
GenomeStudio 2011.1 Methylation Module可用于methylation beadchip的基本质量控制。 GenomeStudio中的Controls Dashboard用于可视化不依赖样本和依赖于样本的质控品，而BeadArray Controls reporter（BACR）可对质控品进行基于公式的分析，快速获得结果。GenomeStudio 2011.1和BACR可点击此处下载。
针对高级用户
以下系列视频教程由SeSAMe的开发者Wanding Zhou领导的团队制作，为新用户提供了SeSAMe数据分析的分步教程：
在本视频中，您将学习如何安装SeSAMe来进行Infinium DNA methylation beadchip的数据分析。所有的脚本和链接均可以在 SeSAMe Installation Github页面获得。如果您的电脑还没有安装R，请在观看本视频之前安装。
本视频教程将向您展示如何将IDAT处理成DNA甲基化水平数据或beta值。本教程使用两个来自Gene Expression Omnibus或GEO的公共数据集。 您将学习如何读取信号强度数据，进行质量控制，评估结果等。
在本视频中，我们会介绍一些基于线性建模的框架，用于分析差异DNA甲基化。 您将学习如何加载软件包和数据，了解建模之前要考虑和检查的事项，以及如何执行线性建模，如何在获得检测结果之后调查生物学问题。
本视频教程将演示如何使用SeSAMe软件推断样本元数据。 这些元数据可以是性别、年龄、DNA拷贝数或细胞组分，或其他元数据。 本教程演示了各种推断，以帮助充分理解该过程。
查找更多信息和完整文档请访问SeSAMe Bioconductor 页面。
Minfi是由Kasper Hansen开发的用于甲基化数据分析的综合软件包。minfi的扩展包括RnBeads、ChAMP和wateRmelon。访问 minfi Bioconductor页面可以获取文档，包括用户指南和安装说明。为了进行基于minfi的甲基化芯片数据分析的深入实践培训，哥伦比亚大学提供了表观遗传学训练营。此外，使用450K数据的存档教程视频可以点击 此处获取，Kasper Hansen的介绍视频可以点击 此处获取。