皮肤和肠道微生物组的宏转录组学分析
了解研究人员如何利用宏转录组学来了解沼气厂的代谢活性微生物群落。
宏转录组学是针对复杂微生物群落中表达的mRNA进行的集体研究1。使用宏转录组测序来研究微生物群落中的基因表达，研究人员可以获得重要见解以探索微生物如何在特定时间对特定环境做出反应。对微生物组的RNA进行测序不仅可以揭示存在哪些微生物，还可以揭示它们的功能活动。
宏转录组测序
利用NGS的强大功能揭示微生物群落中的基因表达
什么是宏转录组学？
发掘群落层面转录信息的潜力
宏转录组学由新一代测序（NGS）技术推动，是涵盖农业、生物技术、医学等多种应用的研究领域1-4。除了提供有关复杂微生物群落行为和功能的数据外，宏转录组测序还可以提供有关群落环境或宿主的宝贵信息。
鉴于大量（数百万）基因的调控系统尚不清楚，宏转录组学有望从原生环境中的群落层面获得关键的生物学见解。
NGS工作流程查找工具
消除后续工作流程中的相关猜测。NGS工作流程查找工具提供个性化的解决方案建议和资源，以便您可以放心地进行测序。
特色在线讲座
人类宏转录组的功能分析
在Scott Kuersten博士和Brice Le François博士的演讲中，了解如何使用RiboZero Plus Microbiome灵敏地分析微生物多样性和代谢活性。
高宿主量和低生物量样本中的微生物组测序
Stefan Green博士讨论了高宿主量和低微生物量问题、PCR扩增偏倚以及分析复杂微生物群落的替代方法。
利用宏转录组学进行微生物分析
了解Diversigen和DNA Genotek的科学家如何为宏转录组学研究开发工作流程，阅读他们对该研究领域如何潜在影响未来的看法。
精选宏转录组学应用和出版物
识别微生物和植物中的功能关系
了解研究人员如何利用宏转录组学来了解沼气厂的代谢活性微生物群落。
揭示RNA病毒的多样性
探索宏转录组学在揭示RNA病毒丰富多样性方面发挥的作用。
移植后肺部RNA病毒组的表征
了解研究人员如何利用宏转录组学阐明人类肺病毒组内RNA病毒的丰度和多样性。
弹状病毒宏转录组学研究
了解这项研究如何揭示弹状病毒的全面系统发育，以便更好地了解它们与植物的共同进化关系。
利用宏转录组学捕捉微生物组的动态变化
本文揭示了南极冰架下微生物群落的系统发育和功能多样性。
SARS-CoV-2与微生物组
了解科学家如何使用宏转录组学来检测、追踪和识别SARS-CoV-2的生物标志物，以及该病毒如何影响呼吸道微生物组。
宏转录组测序工作流程
文库制备
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome
简化的RNA-Seq解决方案，用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析，具有出色的研究灵活性。
测序
将成熟的NGS技术与可调节的输出相结合，支持各种应用中的测序和芯片功能。
通过贯穿始终的全面工作流程助力探索。
实现超高的通量和准确性，可在生产规模开展数据密集型应用。
分析
BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics
针对宏基因组学样本进行分类和通路富集分析。
用于宏转录组学研究的核糖体RNA去除应用
了解如何优化复杂微生物样本的RNA测序工作流程，包括使用Illumina Ribo-Zero Plus Microbiome进行文库制备、测序以及使用直观的软件进行宏转录组学分析的详细操作。下载此应用说明，关注转录组的高价值部分，以了解微生物组在健康和疾病中发挥的作用。
宏转录组常见问题解答
宏基因组学的研究对象是微生物群落样本中发现的所有基因5，而宏转录组学则是研究群落表达的基因或转录组1。
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结果
16S rRNA测序是一种靶向16S rRNA基因的特定方法，该基因仅存在于原核生物（即细菌和古细菌）中6。与宏转录组学或宏基因组学不同，16S rRNA测序无法检测病毒和真菌等其他微生物。虽然该方法不易受到宿主DNA污染，但与宏转录组学或宏基因组学测序方法相比，其在检测功能信息和识别菌株/变异方面有局限性。
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结果
使用市售的微生物组RNA提取试剂盒即可提取RNA，这些试剂盒提供的RNA完整性指数（RIN）需大于或等于5。
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结果
BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics应用程序包含在Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion Kit中，并提供生物信息学工具来执行全面的宏转录组分析。
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结果
微生物组研究及其对生物技术的影响
了解全基因组鸟枪法测序和转录组学如何为研究人员提供数据，帮助改进药物的发现和开发。
与专家对话
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参考文献
- Mukherjee A, Reddy MS. Metatranscriptomics: an approach for retrieving novel eukaryotic genes from polluted and related environments. 3 Biotech. 2020; 10(2). doi: 10.1007/s13205-020-2057-1.
- Sharuddin SS, Ramli N, Yusoff MZM, et al. Advancement of Metatranscriptomics towards Productive Agriculture and Sustainable Environment: A Review. Int J Mol Sci. 2022; 23(7). doi: 10.3390/ijms23073737.
- de Vos WM, Tilg H, Van Hul M, et al. Gut microbiome and health: mechanistic insights. Gut. 2022; 71(5). doi: 10.1136/gutjnl-2021-326789.
- Saarenpää S, Shalev O, Ashkenazy H, et al. Spatial metatranscriptomics resolves host-bacteria-fungi interactomes. Nat Biotechnol. 2023 Nov 20. doi: 10.1038/s41587-023-01979-2.
- Metagenomics. National Human Genome Institute. genome.gov/genetics-glossary/Metagenomics. Accessed July 12, 2024.
- Janda JM, Abbott SL. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J Clin Microbiol. 2007 Sep;45(9):2761-4. doi: 10.1128/JCM.01228-07.