抗击传染性疾病和寻找传染性疾病治疗方法的关键是了解疾病的发病机制、病原体毒性,以及进一步了解人类微生物组如何影响对病原体和治疗方法的反应。新一代测序技术(NGS)可以帮助研究人员研究宿主-病原体相互作用,揭示病原体的致病机理,探索病原体的感染机制。了解这些因素可以为公共卫生决策提供信息,并有助于确定潜在的治疗靶点。
NGS还可用于临床研究,以确定宿主微生物组是否影响免疫力、疫苗效力或治疗反应,研究病原体和宿主基因表达的作用,以及这会如何影响宿主对疾病或治疗的反应。使用Illumina NGS技术研究宿主-病原体相互作用遗传学机制的主要优势有:
基于NGS的RNA测序可以揭示关于宿主和病原体基因及转录本的激活/失活和表达水平的重要信息。这些发现可以阐明宿主-病原体相互作用在致病过程中的作用,以及参与疾病传播的生物学途径。此外,宏转录组分析可以揭示宿主、病原体和微生物群落成员之间复杂的相互作用。
对人体内和体表存在的微生物群落进行研究能够使研究人员了解微生物在健康和疾病中的作用。
对给定的复杂样本中存在的所有基因组内容进行分析。无需培养即可预测微生物群落的功能潜力,检测抗菌素耐药性和毒力基因,评估微生物多样性,并对微生物进行分析。
RNA测序提供了一种用于分析和量化细菌、病毒以及其他微生物转录本的无偏倚方法。
NGS可以鉴定新病原体,区分仅相差一个SNP的传染性疾病菌株,无需进行多次检测。
了解研究SARS-CoV-2病毒宿主遗传危险因素和免疫系统应答的方法。