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空间转录组学将分子图谱分析与空间背景相结合，展示基因在完整组织中的活性位置。免疫组织化学（IHC）和原位杂交等技术可在组织结构中定位特定靶标，而新兴方法则将这一能力扩展至全转录组水平。通过将新一代测序（NGS）驱动的 RNA 测序（RNA-Seq）与空间分析相整合，研究人员得以从形态学背景下以前所未有的视角洞察转录组。
空间转录组学
运用 RNA-Seq 技术对复杂组织结构中的转录活性进行空间解析
什么是空间转录组学？
空间转录组学的优势
空间转录组学的主要优势在于，它提供了映射到组织切片上的基因表达模式的图谱排列，可以连接结构和活性。该功能使研究人员能够在细胞水平上阐明生物的相互作用，从而对有关复杂组织（如肿瘤微环境）产生新见解。
传统上，免疫组织化学（IHC）和原位杂交是揭示组织切片空间基因表达的首选工具，但这些方法通量有限，一次仅能分析少数几个基因。空间转录组学通过高通量成像与测序相结合，以RNA-Seq的形式在形态学背景下呈现了以往无法获得的转录组全景。那些能够在组织样本中保留生物分子精确位置的空间RNA-Seq技术，将进一步促进我们对健康与疾病机制的理解。
空间转录组学研究规划资源
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空间转录组学的工作原理?
基于成像的方法通常采用荧光原位杂交技术，直接在完整组织中可视化转录本，实现所选基因面板的亚细胞分辨率。这些方法以极高的精度揭示基因表达的精细空间模式。
基于测序的方法则从特定组织区域捕获转录本，通过空间编码捕获区域保留空间信息。经过新一代测序（NGS）后，将测序读段映射回原始位置，重建空间基因表达模式，从而实现大范围组织区域的细胞级分辨率。
这些方法使研究人员能够将分子活性与组织结构相关联，并揭示生物学功能背后的空间关系。
空间转录组学的组织样本制备
组织切片经过贴片、固定、染色和成像处理，以提供组织学背景。这些制备步骤可保留组织形态，并为后续生成空间分辨率的基因表达数据奠定基础。
哪种空间转录组学方法适合您？
基于成像的方法可捕获亚细胞级细节，揭示组织结构内的精细空间模式。基于测序的方法则将成像与新一代测序（NGS）相结合，在大面积组织区域实现细胞级分辨率和全转录组覆盖。该方法在不牺牲分辨率或覆盖广度的前提下，提供全面的基因表达洞察。
Illumina 空间转录组学解决方案
Illumina 空间技术提供一种高分辨率、基于测序的完整组织全转录组分析方案。其在大面积组织区域实现广泛的转录组覆盖，这是相对于靶向方法或基于成像方法的关键优势。
空间生物学的多组学方法
空间生物学可在细胞水平整合表观基因组学、基因组学和蛋白质组学等其他分析方法，同时在保留的组织中提供空间背景信息。这些方法统称为空间多组学，为全面理解生物系统提供多维度的研究手段。对于多种空间多组学应用，Illumina 提供基于新一代测序（NGS）的技术，可将结构、功能与空间洞察相结合，助力您的下一个科学发现。
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