空间转录组学为完整组织切片内的转录活性提供全面的路线图。根据不同的方式,该方法可以使用杂交技术或基于新一代测序(NGS)的高灵敏度RNA测序(RNA-Seq)技术检测转录活性。无论采用哪种方法,空间转录组学都可以让您在结构完整的组织中,在细胞水平上准确地解析mRNA表达。
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空间转录组学的主要优势在于,它提供了映射到组织切片上的基因表达模式的图谱排列,可以连接结构和活性。该功能使研究人员能够在细胞水平上阐明生物的相互作用,从而对有关复杂组织(如肿瘤微环境)产生新见解。
使用该方法,您能够绘制正常组织和患病组织的细胞活性图解,探索以前未知的相互作用,创建细胞活性的定量图谱等等。Illumina提供多种测序平台和软件分析工具,可与合作解决方案进行集成,提供无缝端到端空间转录组学解决方案,具有可靠性、可扩展性和敏感性。
为了对组织切片中的mRNA表达进行空间解析,可以使用空间定位探针在玻片上捕获切片冷冻或福尔马林固定的石蜡包埋组织的转录物,或使用光敏原位杂交探针直接对特定目标区域进行检测。对cDNA文库进行测序和分析,量化表达水平。根据选择的方法,单次测序中能够对1200-21,000个蛋白质编码基因的表达进行定量分析及精确定位,提供组织切片的转录信息。
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空间生物学可以结合其他分析方法,例如细胞水平的表观基因组、基因组和蛋白质组信息,同时在保存的组织中提供类似的背景信息。这些方法统称为空间多组学,为全面理解生物系统提供了多维度的方法。对于许多空间多组学应用,Illumina提供了NGS驱动的技术,可以将结构、功能和空间视角相联系,帮助您完成新的发现。
切片并将新鲜冷冻或福尔马林固定石蜡包埋的组织制备到玻片上。
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