核糖体分析
什么是核糖体分析？
核糖体分析是一种基于被核糖体保护的mRNA片段的深度测序方法。对这些片段的纯化和测序，可提供具体时间点某一细胞内处于活动状态的所有核糖体的“快照”。该信息可以确定细胞中哪些蛋白在活跃地进行翻译。
核糖体分析能对细胞转译流程进行系统性监控并预测蛋白质丰度。确定哪些信息区域正在被翻译有助于定义复杂生物的蛋白质组。核糖体分析与大规模平行Illumina高通量测序相结合，能详细、准确地分析体内的蛋白生成。
核糖体分析的优势
确定正在进行翻译的转录本，以了解基因调控的重要方面。
- 研究翻译调控并测量基因表达
- 鉴别翻译起始位点
- 确定蛋白合成速率
- 预测蛋白质丰度
制备用于核糖体分析的测序文库
核糖体分析使用尺寸排阻色谱。此方法简化了将核糖体保护的RNA片段化为兼容Illumina仪器测序的文库的步骤。它是简单、快速且可扩展的方法，不需要专门的仪器。相反，其他分离多核糖体和单核糖体的方法依赖数小时使用蔗糖梯度或缓冲物的超速离心。
TruSeq Ribo Profile的替代方案
TruSeq Ribo Profile Kit已停产，该试剂盒基于以下文献发表的核糖体分析实验方案：Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS.The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments.Nat Protoc.2012;7(8);1534-1550.此文献提供有关该检测所需试剂的详细信息及其购买方式。
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*根据Illumina公司2015年存档数据计算