RNA测序数据分析解决方案

为生物学家设计的用户友好型RNA-Seq分析工具

RNA-Seq数据的直观分析

随着生物信息学领域的成熟,RNA测序(RNA-Seq)数据分析比以往更容易。Illumina提供了具有直观用户界面的按键式RNA-Seq软件工具,该工具专为生物学家设计。

这些用户友好型工具支持从基因表达分析到总RNA表达谱分析等多种新一代测序(NGS)研究。

使用Illumina工具进行RNA-Seq数据分析的优势

可以在Illumina Connected Analytics或BaseSpace Sequence Hub(Illumina多组学云端计算平台)中快速安全地传输、存储和分析RNA-Seq数据。两个平台均提供对DRAGEN Bio-IT平台的云内访问,以便对RNA-Seq和其他NGS数据进行准确、超快速的二次分析。

DRAGEN 采用无损基因组数据压缩技术,最多可将数据存储量缩小 5 倍,同时保留数据完整性。Partek Flow 软件提供用户友好的 RNA-Seq 以及多组学数据的分析和可视化,并兼容来自 DRAGEN 二级分析或任何第三方平台的输入文件,以实现最大程度的灵活性。了解更多信息:

我们的BaseSpace RNA-Seq应用程序:

  • 适用于任何研究人员,无论是否有生物信息学经验
  • 专家优选的RNA-Seq软件工具套装,这些应用程序或是由Illumina开发或优化,或是选自不断发展的第三方应用程序供应商生态系统
  • 为支持从转录本丰度测定到检测新转录本、编码序列单核苷酸多态性(cSNP)、基因融合等常见转录组研究而设计
  • 适用于人类、小鼠和大鼠RNA-Seq分析(某些应用程序支持更多物种)
  • 兼容所有Illumina测序系统
核心实验室使用BaseSpace分析mRNA-Seq数据

英属哥伦比亚大学的BRC-Seq核心测序实验室使用了BaseSpace Sequence Hub来分析和共享数据。他们的研究经常涉及对mRNA测序数据的分析,以评估不同实验处理对转录组的影响。BaseSpace工作流程可帮助BRC-Seq追踪样本并为客户提供高质量的测序数据。

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特色 RNA-Seq 分析应用

基于经常引用的RNA-Seq分析流程,这些App支持多种转录组数据分析需求。用于常用方法的Illumina BaseSpace RNA-Seq App列于下表中。

用于RNA测序数据的特色App
方法 特色App
mRNA测序
靶向RNA测序
小RNA测序
传染病测序

如何用BaseSpace App分析RNA-Seq数据

浏览典型的BaseSpace Sequence Hub RNA测序数据分析工作流程,了解从测序运行选择到分析参数选择和结果分析的整个过程。

查看由软件生成的易于解读的表格和图表示例,包括对差异表达、基因融合检测、变异检出和其他可以合并到手稿中的报告的描述。

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Bioinformatics for Gene Expression and Regulation eBook 下载电子书

RNA-Seq数据的解析

数据分析结束后,结果可以方便地传送至BaseSpace Correlation Engine进行功能注释,以了解基因表达变化引起的生物学效应。这个多组学研究数据库和工具集包含了来自数以千计的公开研究的数据组,能够为生物学解析提供依据。这些信息经过整理和标准化,赋予了数据额外的力量,帮助研究人员按组织、疾病、化合物和/或基因扰动来定义关联。

 

查看BaseSpace Correlation Engine
简化基因组数据挖掘

了解BaseSpace Correlation Engine如何促进基因组数据解析。了解知名大学和制药公司在同行评审的出版物中引用该工具的实例。

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查看样本数据集

查看我们的基因组学云计算环境BaseSpace Sequence Hub中多种方法的样本数据组,或者试用BaseSpace App并交互评估结果。

注意,客户需要登录才能访问BaseSpace Sequence Hub和查看特定数据集。

多组学分析

将RNA-Seq数据与表观遗传学、蛋白质组学等其他模式的数据相结合,可测量基因表达、基因调控和蛋白质水平。

了解更多多组学内容

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如何简化批量 RNA-Seq 分析

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无损基因组数据压缩

无损基因组数据压缩技术最多可将数据存储量减少五倍,并降低数据存储和传输成本。

NextSeq 1000和NextSeq 2000测序仪应用

这些台式测序系统支持广泛的应用,包括从 mRNA-Seq 到单细胞 RNA-Seq、靶向富集等。