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Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

从复杂的微生物样本（例如：粪便）中快速、高效地去除不需要的宿主和泛细菌rRNA，以便进行宏转录组学研究。

概述

Illumina Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit是一种对复杂微生物样本（包括粪便）进行宏转录组测序的从RNA到数据分析的一体化解决方案。

主要特点

  • 通过减少不需要的读取以及增加表达的细菌RNA的覆盖率，进行更深入的分析，深入了解微生物活动。

  • 使用经验证的Ribo-Zero Plus酶促核糖核酸去除技术，从成人和婴儿肠道中常见的细菌中去除不需要的rRNA，以及从人类和小鼠细胞中去除宿主RNA。

  • 使用免费的BaseSpace Microbiome Metatranscriptomic应用程序分析复杂的宏转录组。

规格

说明 该产品从复杂的微生物样本中去除了大量的rRNA转录本，使研究人员能够专注于宏转录组的高价值、信息丰富的部分。该试剂盒包括对BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics应用程序的访问权限，可用于简化数据分析和可视化。
起始量 25-1000 ng标准质量的总RNA
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq 6000 System
作用机制 酶法rRNA去除，连接接头和标签
方法 Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing
核酸类型 RNA
特殊的样本类型 Microbiome samples
物种 小鼠, 人, 大鼠, Bacteria
技术 Illumina测序
变异类别 Novel transcripts, Transcript variants

应用

工作流程示例

1
制备

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Mid output: 2 High output: 8 (based on 25-50 million reads per sample)

2×75 bp
NovaSeq 6000 System

Whole Transcriptome Analysis: SP: 16  S1: 32  S2: 82   S4: 200 samples per run (based on 25-50 million reads per sample)

2×100 bp

相关应用和方法

文档

产品资料
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比较

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome
说明 该产品从复杂的微生物样本中去除了大量的rRNA转录本，使研究人员能够专注于宏转录组的高价值、信息丰富的部分。该试剂盒包括对BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics应用程序的访问权限，可用于简化数据分析和可视化。 用于从低RNA起始量和低质量样本制备全转录组测序文库，支持多种RNA-Seq应用。包括Ribo-Zero Plus，用于单管去除来自多个物种的rRNA和珠蛋白RNA，以便进行丰富的转录组分析。 
起始量 25-1000 ng标准质量的总RNA 标准质量RNA样本为1–1000 ng总RNA。建议至少10 ng总RNA，以获得最佳性能和FFPE样本 
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用机制 酶法rRNA去除，连接接头和标签 酶法rRNA去除，连接接头和标签
方法 Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing
核酸类型 RNA RNA
特殊的样本类型 Microbiome samples Microbiome samples, Low-input samples, FFPE tissue
物种 小鼠, 人, 大鼠, Bacteria 小鼠, 人, 大鼠, Bacteria
技术 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

图

使用Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion试剂盒实现可靠的核糖去除

Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion试剂盒可在单管反应中有效地去除人类以及细菌的rRNA（5S、16S和23S）。将Ribo-Zero Plus rRNA Depletion试剂盒的检测结果与X公司的市售核酸去除试剂盒进行了比较。共检测了两份粪便混合物样品。样品1是含有成人和婴儿粪便样品的混合物；样品2是来自Zymo（货号：6331）的市售粪便样品。

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20072062

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包含用于制备96个文库的试剂和Ribo-Zero Plus Microbiome去除模块。仅与IDT for Illumina RNA UD Index、Ligation兼容。标签单独出售。

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