核型定位
利用核型定位更高效、更快速地获得结果
核型定位是一项用于检测体外胚胎遗传突变情况的技术。它依赖于使用基因组中的遗传标记评估体外胚胎携带基因突变的可能性。
这是一种替代方法，可以代替通过检测疾病特定位点附近短串联重复序列（STR）的遗传情况来识别单基因疾病的方法。因为每个检测运行都需要重新开发STR方法，因此成本高昂且耗时。
我们的核型定位解决方案是STR分析的快速替代方法。1 利用对单个细胞的全基因组连锁分析，核型定位能检测出包含突变的基因区域是否传递到胚胎中。
核型定位的优点
核型定位技术可创建体外胚胎染色体的完整图谱，让研究人员深入了解基因组学在单基因缺陷遗传中的作用。
核型定位分析利用全基因组连锁分析揭示父母一方或双方存在的遗传疾病位点的遗传情况。核型定位使用单核苷酸多态性（SNP）而不是目标基因两侧的STR作为遗传标记。SNP是个体间基因组中一个核苷酸不同的DNA序列变异。利用已有的全基因组SNP技术可轻松鉴定出这一变异。核型定位将来自体外胚胎的SNP和参考基因组的SNP进行比较，确定胚胎遗传到突变基因的可能性。
核型定位相比STR分析具有许多优势，包括：
- SNP均匀地分布在整个基因组中。
- HumanKaryomap-12 BeadChip提供大量数据点，能够降低遗漏目标基因组区域中重组事件的风险。
- 核型定位不需要为每种遗传性单基因疾病设计定制探针，从而节省大量时间。
- 核型定位适于使用软件进行全自动分析，获得一致的结果。
STR分析与核型定位的比较
| STR分析 | 核型定位 | |
|---|---|---|
| 说明 | 利用特定位点附近长度为2-6个碱基对的DNA重复识别缺陷基因 |
利用SNP和全基因组连锁数据鉴定缺陷基因存在与否 |
| 标记 | 多等位基因；测量重复长度的变化 |
双等位基因；测量单个碱基的变化 |
| 覆盖度 | 每组STR标记限于单个位点 |
可平行筛查多个位点 |
| 位置 | 需要了解受影响基因的位置 |
需要了解受影响基因的位置 |
| 准备时间 | 通常需要3-6个月才能建立和验证多个STR标记 |
无；现成的解决方案 |
| 工作流程 | 为每个案例定制引物集 |
适用于所有研究的标准工作流程 |
| 连锁分析 | 手动进行 |
利用BlueFuse Multi分析软件自动解读数据 |
| 非整倍性 | 不适用 |
目前暂不支持 |
核型定位工作原理：囊性纤维化示例
- 如果双亲均携带囊性纤维化突变，其后代有1/4的几率患病。
- 利用双亲中CF携带者或疾病状态的相关信息，科学家可研究基因所在的染色体片段，确定该基因源自哪条亲本染色体。
- 科学家随后可确定每个体外胚胎遗传到的染色体片段是否包含正常或突变的CF基因拷贝。
- 这有助于确定体外胚胎是否仅从双亲之一遗传了一份突变，为不会患病的携带者；体外胚胎是否从双亲处各遗传了一份突变，患有囊性纤维化；或者体外胚胎没有遗传任何突变。
核型定位产品
Illumina提供全面的核型定位解决方案，包括：
Infinium HumanKaryomap-12 DNA Analysis Kit
该BeadChip芯片靶向基因组中约300,000个信息量最为丰富的标记，以高效覆盖全基因组。核型定位利用基因组中的生物标记评估携带基因变异的体外胚胎携带与单基因疾病相关突变基因的概率。
NextSeq 550系统
一种桌面式测序系统，可提供全基因组、外显子组和转录组分析所需的灵活功能，且操作简单。优化的测序试剂和簇生成化学技术能够生成您希望从Illumina获取的高质量数据。
参考文献
- American Society for Reproductive Medicine. Frequently asked questions about infertility. ReproductiveFacts. Org Website Accessed April 4, 2016.