癌症中的HRD检测
什么是同源重组修复缺陷？
同源重组修复缺陷（HRD）是指细胞无法通过同源重组修复（HRR）途径修复双链DNA断裂1。当HRR途径受损时，可能会出现基因组改变和基因组不稳定，促进癌性肿瘤的生长。可以检测由此产生的基因组瘢痕，从而评估HRD状态。
使用新一代测序（NGS）技术进行同源重组修复缺陷检测逐渐成为一种强有力的技术，可以在一次检测中同时评估致病基因与基因组瘢痕。
同源重组修复途径的缺陷
卵巢癌2
高级别浆液性卵巢癌（HGS-OvCa）
- 17%的患者携带BRCA1/2生殖系突变
- 3%的患者携带BRCA1/2体细胞突变
乳腺癌3
三阴性乳腺癌（TNBC）
- 20%的患者携带BRCA1/2体细胞或生殖系突变
前列腺癌4
转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）
- 约19%的患者携带BRCA1/2、BRCAness 基因(ATM、CDK12)突变
胰腺癌5
胰腺导管腺癌（PDAC）
- 17%的患者携带BRCA2生殖系突变
- 24%的患者携带BRCA1/2、PALB2生殖系或体细胞突变
- 8%的患者携带ATM突变
CGP对HRD检测的价值
全景变异分析（CGP）通过单次NGS检测，可评估指南和临床试验已确定可用于指导治疗选择的数百个肿瘤相关生物标志物基因。HRD是一种基因组特征，可以包括在CGP检测中，也可以作为一项单独的检测。
CGP还能识别卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和胰腺癌中的罕见突变以及其他相关基因组特征，如肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）。
随着我们对癌症中HRD的理解扩展到BRCA1和BRCA2等致病基因之外，还有许多可能影响HRR途径的基因，均可纳入全景变异分析（CGP）检测中。
HRD阳性肿瘤的潜在疗法
如果肿瘤出现同源重组修复缺陷，患者可能适合接受PARP抑制剂治疗。由于不同临床试验得出的数据富有应用前景，在过去几年中PARP抑制剂的适应症范围有所扩大6,7。
除了目前获批用于HRD阳性患者的疗法外，全景变异分析可以帮助识别其他基因特征和突变，这些特征和突变对于临床试验入组具有重要意义，从而推动新疗法的开发。
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参考文献
- Lord.C., Ashworth, A BRCAness revisited Na Rey Cancer 16, 110-120(2016).
- The Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular portraits of human breast tumors. Nature 490.61-70(2012).
- The Cancer Genome Atlas Research Network Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma. Nature 474, 609-615(2011).
- Robinson, D.et al. Integrative clinical genomics of advanced ceostatecancerCel161.1215-1228(2015).
- Waddel, N.et al. Whole genomes redefine mutational landscape of pancreatic cancer. Nature 518, 495-501(2015).
- Hussain M, Mateo J, Fizazi K, et al. Survival with Olaparib in Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer. N Engl J Med. 2020;383(24):2345-2357. doi:10.1056/NEJMoa2022485
- Ray-Coquard I, Pautier P, Pignata S, et al. Olaparib plus Bevacizumab as First-Line Maintenance in Ovarian Cancer. N Engl J Med. 2019;381(25):2416-2428. doi:10.1056/NEJMoa1911361