过去,基于芯片的单核苷酸多态性(SNP)筛查方法是分析许多植物和动物的性状并将其与基因组区域建立关联的首选方法。由于测序成本持续下降,研究人员正在开发利用新一代测序(NGS)技术进行基因分型的新方法。
基于测序的基因分型或新一代基因分型是一种用于发现新的动植物SNP位点并进行基因分型研究的基因筛查方法。对于某些应用(例如基因型筛查及基因定位),基于测序的基因分型为基因变异研究提供了一种比芯片成本更低的替代方法。
基于测序的基因分型是一种经济高效的方法,适用于具有复杂基因组或资源有限的群体。使用的技术包括基于扩增子的靶向测序、以杂交为基础的富集测序以及基于序列的限制性酶简化基因分型。
Illumina边合成边测序(SBS)技术是最广泛采用的NGS技术,生成了全世界约90%的测序数据。*
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对于小型基因组(例如果蝇)或广受关注的研究物种(例如拟南芥),可以使用参考相关的标准全基因组测序或重测序方法完成基因分型和变异筛查。浅度测序可用于进化分析或对比分析。
了解详情NGS技术可支持动植物相关的农业研究,其可用于从头测序、转录组分析、基于测序的基因分型或宏基因组。深入了解动植物测序。
基因组学在商业化农业中的应用可帮助育种人员和研究人员进行性状筛选、亲缘鉴定等等。深入了解商业化农业应用和基因组学。
*根据Illumina公司2015年存档数据计算。