染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）
ChIP-Seq是什么？
强大的ChIP测序（ChIP-Seq）方法结合了染色质免疫沉淀（ChIP）分析和测序，可确定全基因组范围内的转录因子和其他蛋白质的DNA结合位点。先按照ChIP的实验方案，使用特异性抗体对DNA结合蛋白进行免疫沉淀。随后，将结合的DNA共沉淀、纯化以及测序。
新一代测序（NGS）在ChIP中的应用有助于研究那些在各种疾病和生物学通路（例如发育和癌症进展）中有作用的基因调控事件。ChIP-Seq可以在全基因组范围内全面分析蛋白与核酸之间的相互作用。
ChIP-Seq的优势
芯片和其他研究表观基因组的方法需要来自已知序列的探针，因此它们存在固有的偏差，与之不同的是，ChIP-Seq并不需要先验知识。ChIP-Seq通过大规模平行测序提供全基因组图谱分析，能从多个样本中生成数百万的计数，可经济、精确、无偏差地研究表观遗传模式。其他优势包括：
- 在任何生物体的整个基因组上捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点
- 定义转录因子结合位点
- 将RNA测序和甲基化分析结合于一体，揭示基因调控网络
- 支持多种起始量的DNA样本
如何进行ChIP-Seq的实验操作？
ChIP-Seq能鉴定DNA相关蛋白的结合位点，可用于绘制给定蛋白的全局结合位点。ChIP-Seq通常从DNA-蛋白质复合物的交联开始。样本随后片段化并使用核酸外切酶处理以修剪未结合的寡核苷酸。使用蛋白质特异性抗体进行DNA-蛋白质复合物的免疫沉淀。提取DNA并测序，提供蛋白质结合位点的高分辨率序列。
推荐的ChIP-Seq工作流程
相互作用分析报告
全面的ChIP-Seq工作流程
Illumina边合成边测序（SBS）技术是广泛采用的NGS技术，产生了全世界约90%的测序数据。*
除了业界领先的数据质量，Illumina还提供集成的工作流程，简化了从文库制备到数据分析的测序过程。
点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。
TruSeq ChIP Library Prep Kit
提供了一种简单、经济高效的解决方案，用于从ChIP来源的DNA中制备ChIP-Seq文库。
提供了一种简单、经济高效的解决方案，用于从ChIP来源的DNA中制备ChIP-Seq文库。
MiSeq系统
集中力量，每次运行可对1–6个ChIP-Seq样本进行测序。
NextSeq 550系统灵活性强，可同时对8–24个ChIP-Seq样本进行测序。
NovaSeq 6000系统无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量，灵活简便。
HiSeq 4000系统产量高，根据目标蛋白的不同，可同时对4–150个ChIP-Seq样本进行测序。
BaseSpace ChIP-Seq App
使用MACS2鉴定转录因子结合位点，使用HOMER发现峰内基序。
Genomatix Pathway System (GePS)通路、网络和过程的生成与可视化。
BaseSpace Sequence Hub
用于NGS数据分析和管理的Illumina基因组学计算环境。
BaseSpace Correlation Engine不断增长的经审核的基因组数据库，可在鉴定疾病机制、药物靶点和生物标记方面为研究人员提供有力支持。
Cluster Density Tips
Optimal Cluster Density Best Practices
Watch Illumina scientists discuss how over- and underclustering can affect your sequencing data. Learn about common clustering issues and ways to prevent them.
View VideoHow to Achieve Consistent Cluster Density
Cluster density has a significant impact on run performance, specifically data quality and total output. Learn how to achieve more consistent cluster densities.
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*根据Illumina公司2015年存档数据计算