COVIDSeq检测(研究版本)

这种高通量NGS检测方法让实验室能够检测SARS-CoV-2突变,识别和追踪新变异株的出现和流行情况。

本产品仅供研究使用(RUO)。本产品的体外诊断版本可在日本、菲律宾和美国,根据各个国家/地区各自的授权机构授权使用。  

概述

COVIDSeq Test(研究版本)是一种新一代测序(NGS)检测方法,使研究人员能够检测和表征新型的SARS-CoV-2变异。

  • 使用ARTIC v3引物检测SARS-CoV-2 RNA的基因组

  • 当检测到≥90个扩增子时,报告共有序列

  • 支持无缝集成且灵活的端到端工作流程

快速、可扩展的测序

Illumina COVIDSeq Test(研究版本)可分析384-3072个样本,具体取决于通量需求。

均匀的基因组覆盖

覆盖范围特别集中在刺突蛋白位点。对于详细的测序,可选的ARTIC v4引物池可以深入表征新型变异。

集成式解决方案

该试剂盒包括cDNA转化、扩增和文库制备所需的所有试剂。PCR过程中的退火温度设置为63°C可改进变异分析,提供重要见解。

简化的数据分析

使用开源软件工具(包括BaseSpace Sequence Hub中的Illumina DRAGEN COVID Lineage App)评估谱系并注释突变。 

规格

需要的产品

除了Illumina COVIDSeq Test(3072个样本),您还需要: 

  • IDT for Illumina PCR Indexes Set 1–4(384个标签,384个样本) 

  • 适用于测序系统的流动槽  

  • 适用于测序系统的测序试剂盒 

  • 病毒RNA提取试剂盒(例如QIAamp Viral RNA Mini Kit) 

/ 结果

应用

COVIDSeq Test(RUO版本)是用于检测和表征SARS-CoV-2的集成NGS研究解决方案,不用于诊断程序或患者管理。 

工作流程示例

1
管理工作流程
2
文库制备

Illumina COVIDSeq检测(RUO版本) 

应用说明

相关应用和方法

比较

COVIDSeq检测(研究版本) COVIDSeq Assay(96个样本) Pan-Coronavirus Panel Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel试剂盒
自动化功能 液体处理机器人 液体处理机器人 液体处理机器人 液体处理机器人
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
内容说明 跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度  跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度  同时检测呼吸道病原体DNA和RNA,同时分析抗菌药物耐药性(AMR)基因表达。
说明 COVIDSeq检测(RUO版本)是一种可扩展的高通量NGS检测(多达3072个样本),适用于研究应用。   COVIDSeq Assay(96样本)是一种中低通量NGS检测,可在任何Illumina台式测序系统上处理,用于研究应用。 Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分,可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。 鉴定呼吸道感染和合并感染,检测抗菌药物耐药性标志物,并对关键病原体(SARS-CoV-2和Flu A/B病毒)进行菌株分型,以研究病毒的进化和传播。
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100系统, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq System, 研究模式下的NextSeq 550Dx, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000基因测序仪 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100系统, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq System, 研究模式下的NextSeq 550Dx, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000基因测序仪 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System
方法 扩增子测序, 靶向RNA测序 扩增子测序, 靶向RNA测序 全基因组测序, 靶向富集 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集
多重分析 NextSeq上的384重 NovaSeq上的384重 iSeq系统上8重 MiSeq系统上30–48重 MiniSeq系统上的48重 使用唯一双标签,单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签,单次运行最多可分析384个样本
核酸类型 RNA RNA RNA DNA, RNA
样本类型详细信息 鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本  鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 
物种 人, 病毒 人, 病毒 病毒 真菌, 病毒, 细菌
物种详情 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) 检测呼吸道病原体(180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒,包括SARS-CoV-2)和抗菌药物耐药性等位基因(1200多种)。
链特异性 非链 非链 非链
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序

选择工具:

基因组覆盖性能

热图绘制性能随读长和深度的变化,与单端读长相比,双端读长显著改善。显示了>0.99可信度的基因组比例,接近1的值代表SARS-CoV-2基因组的更完整覆盖度。 

常见问题解答

COVIDSeq检测(RUO版本)适用于NovaSeq 6000测序系统。它也可以在研究模式下在iSeq 100、MiniSeq、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq 500、NextSeq 550、研究模式下的NextSeq 550Dx、NextSeq 1000或NextSeq 2000系统上运行。

主要区别在于每次检测可以运行的样本数量。COVIDSeq Assay(96个样本)在Illumina台式测序系统上运行96个样本,以适应较小的研究实验室。相比之下,COVIDSeq Test(RUO)可在NovaSeq 6000系统或NextSeq系列测序系统上运行多达3072个样本。

是的,根据每个国家/地区的授权机构, 体外诊断(IVD)检测 可在授权国家/地区(日本、菲律宾和美国)使用。  

ARTIC v3引物池包含在COVIDSeq Test(RUO)试剂盒中。它包含98个扩增子和11个人类基因的引物,针对SARS-CoV-2的原始菌株设计。可选的ARTIC v4混合池包括99个扩增子,不含针对Delta变异设计的人类对照。它提高了刺突蛋白位点的基因组覆盖度,并提高了SARS-CoV-2变异检测的分析灵敏度。阅读技术说明。

/ 结果

NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比,优化的试剂盒可增加簇密度和读长,从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

联系我们

有兴趣将Illumina COVIDSeq Test引入您的实验室进行监测应用?