DRAGEN 本地部署的二级分析服务器

通过强大的、值得信赖的本地部署解决方案,最大化分析性能。

全面、高效的本地二级分析

DRAGEN服务器为二级分析提供了一种本地部署的解决方案,相比传统的基于CPU的系统,它能够在较短的时间内实现高度准确且全面的分析。

借助现场可编程门阵列(FPGA)技术,DRAGEN加速了基因组分析算法,例如BCL转换、比对和定位、排序、重复标记以及单倍型变异检测。

凭借优化的软件算法,DRAGEN流程不断改进,以提升功能、准确性和速度,解决NGS分析中常见的挑战,例如计算时间长和数据量巨大等问题。

Illumina DRAGEN server

DRAGEN本地部署服务器的特点

精准且全面

  • 使用Precision FDA Truth Challenge v2基准数据,准确率可达99.89%。4
  • 支持广泛的实验类型,可替代多达30种传统的开源工具。2,3
  • 借助Illumina Connected Annotations整合17个关键数据库(如PrimateAI-3D、SpliceAI、COSMIC和OMIM),全面获取基因组变异信息。

本地分析,由您掌控的安全性

  • 值得信赖的本地解决方案,定期更新,确保安全、高质量的分析。
  • 内置数据保护的最先进的安全解决方案。*
  • 通过网络附加存储支持多款测序仪,即使在网络连接不佳或离线环境中,也能确保可靠的访问。

借助硬件加速提升效率

  • DRAGEN服务器通过FPGA架构实现快速处理,能够提供快速的周转时间(例如,在40×覆盖度下进行小变异检测仅需约26分钟)。1
  • 通过DRAGEN无损ORA压缩技术,可将FASTQ文件大小缩减至多至1/5。.
  • 能效出色,在进行30×全基因组测序(WGS)的二级分析时,耗电量低于0.12千瓦时。2

通过DRAGEN服务器优化您的测序工作流程

各种类型的实验室可选择整合一台DRAGEN服务器,以实现规模扩展或提升运营效率。这个本地部署的工作流程示例概述了仪器连接、可选的工作流调度器、分析和解读。

1
文库制备

多种应用的文库制备试剂盒包含全基因组测序(WGS)、全外显子测序(WES)和高性能文库制备试剂盒。

2
测序

使用任何Illumina测序平台对文库进行测序。

3
二级分析

DRAGEN二级分析能够对全基因组、全外显子组、甲基化组和转录组进行分析。

4
三级分析

规格

DRAGEN server specifications

DRAGEN服务器规格

  • CPU
    双Intel Xeon Gold 6226R 2.9GHz, 16C / 32T
  • 系统内存
    512 GB DDR4
  • Scratch驱动器
    2 x 7.68 TB NVMe U.2 SSD
  • 操作系统驱动器
    2 x 480 GB SSD (RAID 1)
  • 硬件加速
    1 x FPGA卡
  • 外形规格
    2U
  • 尺寸
    长 × 宽 × 高
    43.8 cm × 76.4 cm × 8.8 cm

    (17.2 in × 29.9 in × 3.5 in)

易于安装与安全保障

DRAGEN服务器专为易于安装而设计,其标准的2U外形规格确保了与行业标准服务器机架的兼容性。独立的本地DRAGEN服务器让您能够优先保障安全,并符合机构政策。它还可以通过网络附加存储支持多台测序仪的数据。

常见问题

DRAGEN服务器附带了DRAGEN软件。当在初次设置时,您可能希望更新到可在以下网址获取的最新版本的DRAGEN软件: https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/dragen-bio-it-platform/downloads.html.

 

每台DRAGEN服务器都需要一个年度许可证,以便软件能够执行二级分析。根据您的通量和需要分析的数据量,有多种选择。最低从一级许可证开始,适用于DRAGEN服务器在1年内处理10万GB数据的通量。

是的,您可以离线运行DRAGEN服务器。但请注意,您可能需要在另一台计算机上下载并安装软件更新和DRAGEN软件许可证文件,然后将其本地加载到服务器上。

理想情况下,DRAGEN服务器上不应保留任何样本数据。它是一个计算节点。建议连接网络附加存储。DRAGEN服务器支持NFS和CIFS协议用于挂载存储。

是的,作业调度软件(例如SLURM)可以更新以包含DRAGEN二级分析。

/ 结果

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DRAGEN部署选项

了解灵活的配置选项,帮助研究人员通过本地服务器、云端或仪器内置方式访问DRAGEN分析。

关键DRAGEN应用程序及其可用性

DRAGEN应用程序支持多种NGS方法,包括全基因组测序(WGS)、RNA测序、外显子/靶向富集、扩增子测序、16S宏基因组学等。

所有生物信息学软件产品

我们的易于使用且可定制的生物信息学软件解决方案专为深度测序仪集成和高效扩展而设计,以满足您的数据需求。

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* 使用基于硬件密钥保护的全盘加密。

参考文献

  1. Illumina数据,尚未包含DRAGEN v4.3中可用的新型专用调用器(如MRJD和VNTR)
  2. 深入了解DRAGEN及其如何实现大规模高效二级分析。illumina.com/science/genomics-research/articles/secondary-analysis-at-scale.html
  3. 根据Illumina公司2022年存档数据计算。
  4. Behera S, Catreux S, Rossi M, et al. 利用DRAGEN加速算法实现大规模全面且准确的基因组分析。 bioRxiv [预印本].2024年1月6日:2024.01.02.573821. doi: 10.1101/2024.01.02.573821. PMID: 38260545; PMCID: PMC10802302.