由新一代测序(NGS)提供支持的单细胞测序可研究单个癌细胞的基因组或转录组,提供细胞间变异的高分辨率视图。虽然在某些情况下对样本进行平均会有所帮助,但研究单个细胞可以揭示有关异质性样本(例如肿瘤微环境)的信息。癌症单细胞分析可以揭示DNA、RNA、表观遗传和蛋白质水平(单独研究或作为多组学实验)的癌症驱动因素,而这些因素在对样本进行整体研究时可能会被忽视。
因美纳单细胞测序和分析工作流程概述
选择批量细胞或单细胞分析取决于整体的研究目标。分析单细胞可以帮助您了解不同细胞群如何影响癌症以及如何利用这些信息进行治疗。
与批量细胞测序相比,单细胞测序的一些主要优势包括:
单细胞转录组学使我们能够对细胞功能以及单个细胞在其环境中的相互作用获得全新的深入了解。因美纳NGS技术大幅提高了单细胞基因表达研究的发现能力,使研究人员能够在单次检测中以高精度和高灵敏度分析数百万个细胞。
ATAC-Seq可用于研究具有异质性细胞群的不同组织中不同细胞类型的染色质可及性,以更好地了解染色质包装和其他因素如何影响基因表达。单细胞ATAC-Seq方法将单细胞的分离和加标签,以及Tn5转座酶片段化结合到了一起。Tn5转座酶会使用测序接头来标记开放的染色质区域。然后,标记好的DNA片段会继续进行纯化、扩增和测序。
单细胞免疫组库是指生物体内各种各样的免疫细胞的集合,每个免疫细胞表面都有独特的受体分子。这些受体使免疫细胞能够识别并应对威胁,例如病原体或异常细胞。
分析单细胞免疫组库包括研究编码这些受体的基因序列,从而在单细胞水平上深入了解免疫系统的多样性、功能性和特异性。这种分析为了解疾病的免疫反应、推进个性化医疗方法和开发靶向疗法带来了希望。
聆听克雷顿大学创新基因组学与生物信息学核心实验室(IGBC)副主任Jun Xia博士和Yusi Fu博士介绍他们的癌症研究,以及那些激励他们工作的人的故事。在NextSeq 2000的帮助下,他们开发出了高精度单细胞测序方法来检测癌症生物标志物,并快速推进了他们的研究,这为他们与合作伙伴更好地了解驱动癌症的基本过程打开了大门。
两套基因测序仪,在双流动槽配置的NovaSeq X Plus测序仪上,每次运行的数据量产出可达16 Tb;在单流动槽配置的NovaSeq X测序仪上,每次运行的产出可达8 Tb。
DRAGEN二级分析平台具有单细胞RNA流程,能够输出细胞基因表达矩阵,作为下游单细胞分析的起点。
DRAGEN单细胞RNA(scRNA)流程可用于处理多重单细胞RNA-Seq数据集(从read到细胞基因UMI计数基因表达矩阵)。
了解单细胞测序工作流程的每个步骤和有价值的信息,以确保实验成功。
在本次网络研讨会中,10x Genomics和因美纳介绍了单细胞固定RNA解决方案,该解决方案可以对来自固定样本的数百万个细胞进行单细胞水平的RNA测序。
在此演示中,我们将向您展示Illumina Connected Analytics用户如何执行包含DRAGEN二级分析流程的单细胞RNA分析工作流程,并使用ICA Bench环境中的交互式R Shiny应用程序解读这些结果。