缩小加拿大原住民儿童的诊断差距

沉默基因组计划正在为原住民、因纽特人和梅蒂斯人建立首个变异库

缩小加拿大原住民儿童的诊断差距
“从原木中走出的雪松人”的细节,位于不列颠哥伦比亚省邓肯的图腾柱。由Gwe-la-y-gwe-la-gya-les(Richard Hunt)雕刻,Rex Wholster拍摄。
2023年7月17日

《联合国土著人民权利宣言》主张“不受任何歧视地获得所有社会和卫生服务的权利”。2007年,由159名成员组成的大会通过该宣言时,仅有4名成员投了反对票:澳大利亚、加拿大、新西兰和美国。

此后的几年里,这四个国家都改变了立场,现在都支持该宣言。加拿大政府甚至通过了一项法案,要求其法律与宣言保持一致,强调任何影响原住民的决定都应得到原住民自由、事先和知情的同意。

精准医疗的愿景是根据每个患者的个体DNA和生活环境为其量身定制诊断和治疗方案。如果疑似患有遗传性疾病的患者属于参考数据库中具有充分代表性的种族群体,那么他们的医生可以排除该群体中常见且不太可能引起疾病的绝大多数个人遗传变异。但目前可用的大部分基因组数据来自欧洲血统的人

由于缺乏加拿大原住民群体的参考数据,临床医生面临着成千上万种意义不明的变异,导致了医疗保健不平等,因为原住民患者在诊断过程中面临更加困难和不确定的路径。

只有通过加拿大各地的研究人员、临床医生和原住民社区之间长期、协调的合作伙伴关系,才有可能纠正这种不平等现象,而不列颠哥伦比亚大学(UBC)的沉默基因组计划正在建立这些合作伙伴关系。

原住民对原住民数据的治理

沉默基因组计划于2018年启动,由Laura Arbour博士、Nadine Caron博士和Wyeth Wasserman博士共同领导。

Arbour是UBC医学遗传学系的教授,20多年来一直与原住民社区直接合作,致力于解决健康的基因成分问题。她回忆起来到努纳武特地区的第一次儿科住院医师轮换时,“有人认为社会决定因素导致了所有健康问题,但事实并非如此。”

Caron是一名外科肿瘤学家,也是UBC医学院外科系的教授,他对原住民健康和加拿大卫生政策充满热情;她还成为了加拿大首位女性原住民普通外科医生。

Wasserman是UBC的医学遗传学教授、不列颠哥伦比亚省儿童医院研究所分子医学和治疗中心的资深科学家,以及计算生物学家(用他的话说,是“数据极客”),在他的实验室开始应用新一代基因组测序来确定代谢紊乱的原因时,他就参与了这项研究。

沉默基因组计划围绕四个活动展开——其中第一项也是最关键的便是确保土著对项目的自主治理,并让土著社区参与其中。

地理条件在一定程度上限制了原住民参与医学研究—虽然加拿大 90% 的人口居住在距离美国边境 160 公里以内的地区,但约有 60% 的原住民生活在农村或偏远地区——最难逾越的障碍是美国和加拿大过去对待少数族裔的历史背景。

该项目的非原住民团队成员会时刻意识到这些失败会如何影响他们建立信任的长期努力。Wasserman说道:“有很多人加入又很快离开。Arbour博士当初带我参加了加拿大健康心灵联盟的会议,我记得我旁边有人说:‘我们欢迎你来到这里,但我们拭目以待,五年后你是否还在这里’。”

Arbour强调:“我们的项目只有从一开始就得到原住民的参与才能进行。”这种参与包括Caron在该项目中的领导作用;由原住民学者和科学家组成的国际原住民基因组咨询委员会(顺便说一句,在最初对联合国宣言投反对票的四个国家中,都有原住民学者和科学家参与其中);对研究感兴趣的社区和指导委员会,其成员来自加拿大各地的原住民社区。

新斯科舍省的伊努克苏克人。这些传统的旅行标记是因纽特人和其他加拿大原住民的重要文化象征。图片来源:盖蒂图片社


精准诊断研究和原住民背景变异库

该项目的第二项活动是精准诊断研究,为100个患有疑似但未确诊遗传病的原住民家庭提供全基因组测序(WGS)。这些家庭通过转介到六个省的11个医学遗传学中心之一进行登记。

其中大约四分之一的患者已经从他们的WGS数据中得到了明确的诊断结果,其中一些患者继续参与更大的项目,从而了解其病情的细胞基础。提供给临床医生的患者变异信息中约有50%是不确定的。Arbour说,如果科学家能够参考一个更相关的原住民背景变异库(IBVL),他们将有更好的机会了解这些变异——但目前还没有这样的库。

创建IBVL是该项目的第三项活动,目前仍在进行中。首批600个样本已获准进行测序。在社区批准参与后,每个DNA样本都会放在去识别化的管中交给沉默基因组计划——不提供个人或社区名称的记录,只提供一个独特的编号。该研究的数据仅以汇总形式提供(表明特定变体出现在库的X%中),并且仅用于临床诊断,而不是作为开源研究库。

“许多原住民对开放数据感到担忧,因为担心基因组信息可能会被用来对付他们,或者利用他们的数据造福于他人,从而使原住民继续面临健康不平等的问题。”Arbour解释道。“这不会因为仅仅开放数据是主流实践标准而改变。这样做只会阻止人们参与。除非我们开始真正改变我们的做事方式,否则不平等现象将会继续存在。”

正义举足轻重

该项目的第四个活动将是从大局出发,评估精准诊断对原住民儿童的经济影响。尽管目前无法评估IBVL数据的影响,但团队成员的轶事经历描绘了一幅充满希望的景象。

“在结束诊断之旅的同时,你还有机会建立社区。”Wasserman说道。一旦家庭得到该诊断结果,他们通常会与世界各地有相同诊断的其他家庭联系。年龄较大的孩子可以就治疗的期望提出自己的见解。“这使得世界变得更小。”

该项目的第二个和第三个活动的配套资金部分由因美纳提供。Wasserman表示:“因美纳是在世界各地进行罕见疾病临床诊断的引擎。特别是在加拿大,几乎所有临床样本都在因美纳平台上分析,数据也来自因美纳系统。因美纳团队从一开始就热情地寻找解决办法,这一点非常明确和令人印象深刻。”

Arbor承认该项目规模宏大,还有许多工作要做,但由于多年来在建立社区合作伙伴关系方面的投入,他们已经取得了可观的进展。她说:“沉默基因组计划揭示了我们需要做得更好的地方。这是一个良好的开端,如果我们能花一些时间利用我们的个人专业知识打开大门,那将会产生巨大的变化。我们需要考虑谁被排除在外以及被排除在外的原因。正义很重要,当有人被排除在外而我们有能力打开大门时,我们就有义务这样做。”

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