使用Illumina Stranded mRNA Prep以更少的偏差扩大研究范围
Jongsuk Chung博士解释了如何使用Illumina Stranded mRNA Prep帮助Geninus公司以比其他市售替代产品更少的偏差扩大研究范围。
使用Illumina Stranded mRNA Prep以更少的偏差扩大研究范围
简介
Jongsuk Chung博士是Geninus公司基因组中心的主任，他引入了多种因美纳仪器（包括NovaSeq™ 6000、NextSeq™ Dx和iScan™）来领导开展各种基因组学与转录组学研究项目。我们向Jongsuk博士询问了他的研究情况以及他使用Illumina Stranded mRNA Prep的经验，他解释了如何使用Illumina Stranded mRNA Prep帮助Geninus公司以比其他市售替代产品更少的偏差扩大研究范围，并将他们的新数据与现有（公开）数据进行比较。
Illumina Stranded mRNA Prep提供了简化的RNA-Seq解决方案，可获得全转录组的清晰、全面分析。还可灵活地支持多种输入类型和起始量（最低低至25 ng总RNA）。Illumina Stranded mRNA Prep能够精确测量链方向，实现均匀覆盖，并发现高度可信的新亚型、基因融合和等位基因特异性表达等特征。
Q：在您的研究中，您会在哪些类型的应用中使用Illumina Stranded mRNA Prep and Ligation？
A：我们主要在癌症或罕见遗传病等人类疾病临床标本的转化研究中使用。转录组分析是与合作者在定义分子特征方面进行研究的基础和重要组成部分。转录组分析的结果使我们能够更深入地了解分子途径的调控或显著特征，并确定诊断或治疗的潜在标志物。虽然关于基因调控的研究方法还有很多，但mRNA测序始终是首要步骤。
Q：您为什么会选择Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation？
A：mRNA测序数据通常是独立生成的研究数据，但在多数情况下，会与已生成的数据一起分析。大部分已生成的mRNA测序数据是使用因美纳的mRNA制备试剂盒获得的，这有助于减少不同mRNA测序技术的偏差。此外，为提高用户便利性，特别是改善所需的RNA起始量和手动操作时间，还会定期更新实验方案。
大部分已生成的mRNA测序数据是使用因美纳的mRNA制备试剂盒获得的，这有助于减少不同mRNA测序技术的偏差。
Q：请告诉我们您对Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation的使用感受，以及您喜欢它的哪些方面。
A：该产品的实验方案描述详细，对于不熟悉分子实验的用户来说非常简单。从这款mRNA测序试剂盒生成的测序数据的QC指标来看，它基本符合我们的标准。而且由于实验时间缩短，我们可以在工作时间内处理更多的样本。
Q：您对因美纳RNA测序产品（文库制备、测序、数据分析、存储和共享）的未来发展有何期望？
A：有些样本因为RNA质量问题而无法分析。如果因美纳能推出一款产品，用于分析比现有实验方案质量更低的RNA，那将会大有帮助。mRNA链式试剂盒和基于CDS（编码序列）捕获的方法所得的基因表达值具有更高的相关性，这将使我们能够对更多储存方法不同的样本同时进行无偏倚的分析，包括FFPE样本（这是大多数临床标本的储存方式）。
