2020年10月12日
任何地区出现的危险新型病原体都具有毁灭性，在基因组学和生物信息学基础设施不足以识别、监测或减缓其传播时，这种情况就更加严重。在资源有限的环境中，公共卫生人员很难分配宝贵的医疗商品，例如诊断试剂或疫苗。非洲需要实时且高保真的信息。病原体基因组的新一代测序（NGS）可以提供这些信息，从而降低死亡率。
虽然基因组测序数据已被用于开发测试、疫苗和治疗策略，以及监测病毒突变，但由于设备的前期成本高、训练有素的实验室人员短缺、数据分析基础设施极少以及公共卫生优先事项相互竞争对财政能力带来的压力，非洲大陆的测序受到了严重限制。
NGS提供了一种准确、高效且经济的方法，可对大量基因组进行快速测序，并且能够追踪可能在人群中引起疾病爆发的病原体，这种方法被称为监测。NGS还能追踪会影响诊断、治疗策略和疫苗等疾病应对措施的遗传变化。
Illumina非常荣幸能为非洲病原体基因组学计划提供支持，帮助非洲大陆建立遗传测序和疾病爆发监测能力。
今年春天，只有少数的非洲机构在对SARS-CoV-2阳性样本进行测序来鉴定传播的菌株。为了践行我们支持中低收入地区建立基因组检测能力的承诺，Illumina通过非洲联盟和非洲疾病预防控制中心（非洲CDC）向非洲成员国捐赠了价值140万美元的测序系统和相关耗材 。
Illumina现已加入了一个跨地区的合作伙伴关系，以支持非洲CDC病原体基因组学研究所发起的非洲病原体基因组学计划（非洲PGI）。这项综合计划将扩大NGS工具和相关专业知识的应用范围，其目标是加强整个非洲大陆20多个国家/地区的病原体检测能力。llumina将在四年内捐赠价值约2000万美元的NGS平台、试剂和培训支持。这项耗资1亿美元的计划的合作伙伴包括美国疾病预防控制中心、比尔及梅琳达·盖茨基金会、Oxford Nanopore Technologies、Microsoft等。
“Illumina非常荣幸能为非洲病原体基因组学计划提供支持，帮助非洲大陆建立遗传测序和疾病爆发监测能力，”Illumina首席医务官Phil Febbo说道。“当我们与伙伴合作，共同加强应对公共卫生威胁的科学基础时，NGS在疫情的各个阶段都发挥着至关重要的作用——从最初的特征描述到病原体监测、疫情管理以及大流行后的监测。我很高兴Illumina能参与这项综合计划，该计划不仅能提供NGS技术，还将提供培训计划、数据基础设施和长期可持续性所需的政府支持。”
这项新计划将促进和支持针对COVID-19和其他疾病威胁（包括HIV/AIDS、结核、疟疾、霍乱和其他传染病等在内的地方性疾病）的重要研究和公共卫生对策。从非洲大陆的这些病原体中获得的基因组信息对于正在进行的抗菌素耐药性研究至关重要，抗菌素耐药性是非常大的公共卫生威胁。该计划的目标不仅是加快NGS在病原体监测方面的实施，同时也希望能够推动这种检测能力的可持续性。实验室网络（其中一些实验室首次拥有NGS能力）将对非洲CDC在2019年成立的病原体基因组学研究所进行补充，加强整个非洲的病原体基因组学和生物信息学能力。
除物理实验室网络外，人们还将创建病原体基因组学培训计划（NGS学院），为公共卫生机构提供培训和工具，为公共卫生行动和研究人员生成并翻译基因组学数据。这将使他们能够参与并领导传染病基因组学方面的国际合作。
在Illumina，我们相信与研究和资源合作将取得更大的成果。这项捐赠是我们企业社会责任计划的一部分，体现了我们加速普及基因组学技术和对人类产生积极影响的决心，不仅是通过我们的技术，还包括我们的行动。
点击此处可进一步了解非洲病原体基因组学计划。
图片来源: Adeyinka Yusuf/iStock
