2020年9月14日
澳大利亚公共卫生实验室参加了一项突破性项目，他们计划对澳大利亚所有COVID-19阳性检测的病毒基因组进行测序，并使用基因组学技术在全国范围内追踪COVID-19，而不是在每个州内追踪。
自从COVID-19大流行开始以来，Illumina的新一代基因组测序技术（NGS）就被用于支持各种研究，包括治疗方法和疫苗的开发、诊断、筛查和监测应用。现在，Illumina正在与传染病基因组网络（CDGN）合作，共同利用NGS追踪澳大利亚的COVID-19，这有助于数据的实时共享和整合，能让人们更好地了解病毒的传播和扩散。
得益于新一代测序技术的精确性，这项研究将帮助我们更好地了解COVID-19的行为、传播和进化。
UNSW联合教授、资深医学病毒学家Bill Rawlinson认为该研究项目将解决澳大利亚在全国部署COVID-19基因组学的迫切需求。
“得益于新一代测序技术的精确性，这项研究将帮助我们更好地了解COVID-19的行为、传播和进化。该项目能让我们衡量NGS技术对COVID-19大流行的影响，以及该技术对未来的应对措施的影响。”Rawlinson教授说。
该项目获得了悉尼新南威尔士大学（UNSW）提供的330万澳元医学研究未来基金（MRFF）。Illumina也为该项目捐赠了价值逾200万澳元的基因组测序系统和相关耗材。这些系统预计将在下周运送到多尔蒂感染与免疫研究所、韦斯迈医院、UNSW威尔斯亲王医院、昆士兰州卫生法医和科学服务处，加强新南威尔士、维多利亚和昆士兰四个主要公共卫生实验室对病原体（包括COVID-19样本）的测序能力。
“该项目将为全球提供一个范例，它将展示基因组学监测在了解和帮助控制COVID-19大流行方面的独特价值，Illumina很高兴能成为该项目的合作伙伴。”Illumina首席医务官Phil Febbo博士说道。“该项目能让各州和各地区的研究人员使用生物信息学工具共享重要的病原体数据，从而确保人们不仅能在此次大流行中对病毒和其他病原体进行测序，还能将这种能力继续扩展到学术研究和公共卫生系统中。”
这一项目的其他好处包括能鉴定澳大利亚人群中COVID-19的突变，为治疗方法和疫苗的设计提供信息，还能精确识别持续性感染、再次感染和不活跃感染。这对于医护人员极为重要，有助于保护一线工作人员和脆弱的患者。
“CDGN在努力制定一项全国性的病原体基因组计划，以促进该项目的快速实施，确保基因组学分析在全国范围内的普及和一致性。”墨尔本大学教授，CDGN联合主席，多尔蒂感染与免疫研究所公共卫生实验室微生物诊断部门主任Ben Howden说道。“COVID-19病毒病原体在全国范围内的传播信息对于澳大利亚制定未来的公共卫生对策至关重要。”
这次大流行爆发后，Illumina的NGS技术一直在支持全世界的一线检测，开展高通量测序。高通量测序也许能彻底改变COVID-19和未来病原体的公共卫生接触者追踪和大流行控制。英国剑桥的Illumina实验室正在与Genomics England合作，对35,000名COVID-19患者的基因组进行测序，新德里基因组学和整合生物学研究所已经验证了Illumina COVIDSeq检测，上海市公共卫生临床中心和Illumina最近在中国上海设立了SPHCC-Illumina微生物基因测序研究与应用示范中心。为了扩大检测规模，Illumina最近加入了国立卫生研究院的诊断加速（RADxSM）计划，并将推出自己的COVID检测服务。
Febbo博士说：“COVID-19疫情的爆发提醒着全球社会必须加强相关的国家和国际程序，以便及早发现和应对未来的疾病爆发。”
病原体基因组学可以揭示其他方法可能会遗漏的信息，能够快速了解COVID-19的行为、传播和进化。澳大利亚国家COVID-19追踪系统会立即应用于疫情调查，包括鉴定新出现的疫情和传播事件，以减少社区传播。
