冠状病毒软件
llumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
| Novel Pathogen Detection |  |
DRAGEN Metagenomics App | ||
|---|---|---|---|---|
| Detection and Surveillance |  |
DRAGEN RNA Pathogen Detection App |  |
DRAGEN COVID Lineage App |
| Sharing and Collaboration |  |
SRA Import App |  |
GISAID Submission App |
| 可通过BaseSpace Sequence Hub获取Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包。 | ||||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
由Amazon Web Services（AWS）提供支持的BaseSpace Sequence Hub上可免费获取用于检测及监控SARS-CoV-2的全套冠状病毒软件分析解决方案。该工具包包含基于Illumina DRAGEN Bio-IT平台构建的多种工具以及BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用程序，让研究人员能够将他们的发现无缝提交至公共数据库。
DRAGEN冠状病毒软件工具
Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit在不断升级发布新的DRAGEN功能，力求充分利用DRAGEN的速度和准确度来加速对传染性疾病的监测和对病毒爆发的响应。工具包中包含DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline和DRAGEN Metagenomics Pipeline，分别用于检测传染性疾病和监测病毒的爆发。DRAGEN冠状病毒工具现可在BaseSpace Sequence Hub上获取，从2020年5月起也将在DRAGEN Server上上线。关于利用DRAGEN Platform检测和鉴定冠状病毒的更多信息，请访问此处。
用于传染性疾病检测的DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline
升级版DRAGEN RNA Pipeline现已上线，其利用基于覆盖度和k-mer的方法，进一步加速了高效的病毒病原体检测。新流程适用于任意DRAGEN RNA-Seq Pipeline运行中的SARS-CoV-2检测，无论使用的是哪种应用。新流程的特点包括：
- 利用基于覆盖度和k-mer的方法检测病毒病原体，实现全面的检测
- 兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程
- 用人参考基因组（hg38）和选定的病毒参考序列作为人和病毒参考序列
- 集成了FASTA文件生成工具，可将数据上传到公共数据库如GISAID
用于监测病毒爆发的DRAGEN Metagenomics Pipeline
新DRAGEN Metagenomics Pipeline适用于快速简单地检测鸟枪法宏基因组样本中的种属水平。该流程属于宏基因组类的工作流程，能够以高灵敏度和特异性检测和定量SARS-CoV-2序列，同时能提供其他常见病毒和微生物病原体的读数。
该流程利用的是升级后的数据库，其中包含了多种冠状病毒的特异read，流程最后能输出多种类型的结果，包括Krona图、生物检测和QC报告。BaseSpace上的DRAGEN Metagenomics App能够同时分析多个不同样本，赋予了研究人员研究病毒簇的能力。
访问 DRAGEN Metagenomics Pipeline
View sample data generated by this pipeline:
Krona分类图生物检测图
DRAGEN COVID谱系应用程序
该应用程序可将read与SARS-CoV-2参考基因组进行比对并报告目标区域的覆盖度。它可以进行：
- 基于K-mer的检测
- 定位/比对、变异检出
- 共有序列生成
- 使用Pangolin和NextClade进行谱系/进化枝分析
用于临床应用的冠状病毒软件
对于希望生成SARS-CoV-2临床检测报告来诊断有症状的病人是否患有COVID-19的用户，应该将DRAGEN COVIDSeq Test Pipeline与Illumina COVIDSeq检测结合使用。
对于希望生成鸟枪法宏基因组学测序或Respiratory Virus Oligo Panel临床报告的用户，IDbyDNA提供了简单且强大的生物信息学软件，可将测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2基因组的鉴定。请致电833-397-5439或发送邮件至clientservices@idbydna.com，联系IDbyDNA客户服务，了解更多信息。
用于宿主反应研究的Correlation Engine
Illumina正在为COVID-19研究团体提供免费的合作环境，帮助研究人员更好的了解调节宿主反应的关键因素并识别潜在疗法的生物标志物。
Correlation Engine如何推动您的研究：
- 把研究数据放到具体的环境中: Correlation Engine挖掘了成千上万的基因组研究成果，使研究人员能够将其数据与世界各地的基因组知识库进行整合，进而获得数据驱动的答案。
- 加速研究: 通过利用Correlation Engine即时查询成千上万的研究，减少发现所需的时间，使研究人员能够实时进行数据驱动的查询来验证假设
- 持续更新: Illumina有一个专门的团队致力于使用精选的COVID-19数据更新Correlation Engine，我们也欢迎研究团队的成员贡献他们自己的研究成果，共同推进COVID-19的研究。
- 集成: Correlation Engine是Illumina全部转录组系列产品集成的延伸，提供从样本到答案的无缝导航。
- 合作: 在与COVID-19的斗争中，我们齐心协力。Correlation Engine能够帮助研究人员做出贡献并与研究界共享数据，增进我们对COVID-19宿主反应的了解。
研究人员可以使用Clarity LIMS处理样本。测序完成后，研究人员即可使用新工具包自动将他们的数据传输至BaseSpace Sequence Hub。
为适用于SARS-CoV-2检测的端到端解决方案提供支持
因美纳通过全面、集成的工作流程，使得利用NGS检测和识别SARS-CoV-2变得更简单。
这种全新的工具包可与因美纳呼吸道病毒靶向富集工作流程兼容，能让研究人员直接将数据从我们的所有测序仪安全地传输至BaseSpace Sequence Hub，并使用DRAGEN RNA Pathogen Detection应用进行快速、全面的分析。分析完成后，研究人员可以直接从BaseSpace Sequence Hub将数据提交至全球流感共享数据库（GISAID）。
希望提高其湿式实验室效率的研究人员可以使用Clarity LIMS来追踪和监控COVID-19样本，从而提供全面的端到端解决方案。
Clarity LIMS Respiratory Virus Panel工作流程
全面的工作流程管理和样本追踪
两个新的工作流程可用于BaseSpace Clarity LIMS：
- 基于CDC建议的CDC COVID-19 RT-PCR工作流程
- 使用Nextera Flex for Enrichment文库制备试剂盒的呼吸道病毒panel工作流程
这两个新工作流程有助于确保样本可用于分析——让实验室能够快速开始处理冠状病毒样本，完成从样本加入和文库制备到对测序运行进行QC的整个过程。
有关Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息，请参阅此软件博客文章。
获取BaseSpace Clarity LIMS如何获取Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit
您可在BaseSpace Sequence Hub上获取完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit。升级版DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN Server上上线，并将通过DRAGEN API向开发人员开放。*
BaseSpace Sequence Hub上的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit
研究人员现在就可以在BaseSpace Sequence Hub上免费使用Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit，有效期至2020年10月31日。研究人员可以直接将数据从仪器传输到BaseSpace安全的云端环境中，一键式使用整个工具包。
深入了解BaseSpace特色产品
DRAGEN Bio-IT平台
Illumina DRAGEN Bio-IT平台能对测序数据进行准确的超快速二级分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统同时支持中通量的新兴应用和外显子测序、靶向富集、单细胞图谱分析、转录组测序等一系列方法。
其他软件工具
靶向富集流程
DRAGEN Enrichment Pipeline也可用于检测和鉴定SARS-CoV-2。现可在BaseSpace Sequence Hub上以极低的单位样本价格获取该流程，也可从DRAGEN Server上获取。
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