NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
全面的基因融合检测,覆盖来自FFPE和其他癌症研究样本的507个基因。
分析时间
手动操作时间
起始量
TruSight RNA Fusion Panel可在单次NGS检测中覆盖507个与癌症相关的融合相关基因,并在四天内提供RNA结果供研究使用。
TruSight RNA Fusion Panel可在单次检测中覆盖数百个基因,增加了在第一轮检测中检出融合的可能性。
简单的一体化工作流程包括文库制备、测序和数据分析,可以根据样本数量进行缩放。可在台式基因测序仪上对RNA样本进行多重分析和测序,从而更好地利用实验室经费。
机载融合检出支持实验室实现基于NGS的融合检测,无需额外的生物信息学支持。该分析可以提供检测到的融合、相关疾病关联(根据Mitelman数据库确定)以及支持融合的read证据,以列表形式呈现。
分析时间 | 2.5天 |
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自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
癌症类型 | 泛癌种, 血液恶性肿瘤, 实体瘤 |
说明 | 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案,深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因,包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 |
手动操作时间 | 11小时 |
起始量 | 10 ng总RNA,20-100 ng FFPE RNA |
系统 | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer |
方法 | 靶向RNA测序, 靶向富集 |
核酸类型 | RNA |
特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 |
物种 | 人 |
技术 | Illumina测序 |
变异类别 | 基因融合 |
需要同时购买 Set A 和 Set B 配套试剂,每种试剂包含 12 个唯一标签。
TruSight RNA Fusion Panel能够使用血液、骨髓或FFPE样本,在多种癌症类型的507个融合相关基因中与已知和新的伴侣进行基因融合检测研究。
仪器 | Recommended number of samples | Read length |
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MiniSeq System | Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample) |
2 × 76 bp(建议最大) |
MiSeq System | 8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample) |
2 × 76 bp(建议最大) |
NextSeq 550 System | 24 samples per run (mid output; based on 3 million reads per sample) |
2 × 76 bp(建议最大) |
查找从降解的FFPE组织和其他低质量样本中获得高质量结果的FFPE RNA测序解决方案。
利用RNA新一代测序(RNA-Seq)检测癌症基因表达和转录组变化,鉴定新的癌症转录本。
TruSight RNA Fusion Panel | TruSight Tumor 170 | AmpliSeq for Illumina Focus Panel | AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 | ||
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分析时间 | 2.5天 | 约2天 | 5-6小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) | 5-6小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) | |
自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | |||
癌症类型 | 泛癌种, 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | 实体瘤 | 实体瘤 | 实体瘤 | |
说明 | 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案,深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因,包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 | 利用DNA和RNA的变异检出信息,在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 | 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 | 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。 | |
手动操作时间 | 11小时 | 约10.5小时 | < 1.5小时 | <1.5小时 | |
起始量 | 10 ng总RNA,20-100 ng FFPE RNA | 40 ng DNA和/或RNA | 1–100 ng(建议每个混池10 ng) | 1–100 ng(建议每个混池10 ng) | |
系统 | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer | NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq System | NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx | |
方法 | 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 | |
核酸类型 | RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | |
特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 | 低起始量样本, FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 | |
物种 | 人 | 人 | 人 | 人 | |
技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | |
变异类别 | 基因融合 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) | 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) | 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) |
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TruSight RNA Fusion Panel提供了一种从总RNA中分离目标区域的简单、简化的方法。
Trusight RNA Fusion Panel针对高质量和低质量RNA样本类型的高性能进行了优化。文库制备仅需10 ng总RNA或20 ng FFPE RNA。这种低起始量要求使得该panel非常适合对有限数量的样本进行可靠的靶向分析。
TruSight RNA Fusion Panel Set A (48 samples)
RS-304-1002
可用于48个测序用总RNA样本(包括FFPE样本)的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签;2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18和19。
TruSight RNA Fusion Panel Set B (48 samples)
RS-304-1003
可用于48个测序用总RNA样本(包括FFPE样本)的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签;1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25和27。
TruSight RNA Fusion Oligo Panel
20046101
如果使用1重富集,TruSight RNA Fusion Oligo Panel包含足够用于测序的96个总RNA样本的寡核苷酸;如果使用3重*富集,则包含288个总RNA样本的寡核苷酸。此panel不包含文库制备。*仅适用于允许多重富集的文库制备工作流程。
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高度可信的融合检出意味着融合符合阈值过滤条件,该阈值过滤条件基于拆分read评分、双read评分、断裂末端同源性和其他特征的计算值。
低置信度融合检出意味着融合在Mitelman数据库中被列为复发,但无法通过或达到最小阈值评分。
了解更多信息,请参阅Local Run Manager RNA Fusion分析模块工作流程指南。
Fusion评分反映了融合检出的可信度,其中0为低,1为高。评分>0.6报告为高置信度融合检出。
我们的一些自动化供应商正在自动化这种检测。如果您想要自动化此工作流程,请联系您的客户经理。
导致转录本过表达或缺失的染色体易位可反映在基因表达水平上,但不会产生融合基因。Local Run Manager RNA Fusion模块不用于检测基因表达变化。要检测这些变化,建议使用BaseSpace Sequence Hub中的RNA-Seq Alignment App。此外,建议在DNA中确认这些发现。
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