微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性,了解宿主-病原体免疫相互作用,量化基因表达变化以及追踪疾病进展具有重要意义。细菌、病毒和其他微生物的新一代RNA测序(RNA-Seq)已经成为分析转录组和宏转录组信息的标准方法。
转录组是生物体基因组编码的全部RNA的集合。宏转录组为复杂样本中一群生物编码的全部RNA的集合。
对细菌、病毒及其他微生物进行RNA-Seq能够对广泛的微生物转录本进行注释和定量。提取细胞RNA并将其转换为cDNA,用于测序文库的制备。然后,将序列read与参考基因组进行比对,提供有关外显子连接和剪接位点等特征的定性信息,以及可与多个实验集进行比较的定量转录本数据。
与芯片等基于杂交的方法不同,RNA-Seq能够无偏差地对常见和新型转录本进行链特异性鉴定。广泛的动态范围使我们能够在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中确定高表达和低表达的基因。可以使用适合自动化的一体化工作流程一次处理多个样本。
Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit可在进行RNA-Seq前去除rRNA,让您专注于转录组的高价值部分。该技术说明展示了该试剂盒在微生物分离物和群落样本中去除rRNA的能力,并与之前版本的试剂盒进行了比较。
阅读技术说明Illumina NGS在传染性疾病监测疫情爆发模型中具有独特的优势。比较NGS方法,找到用于检测和表征SARS-CoV2、追踪传播途径、研究联合感染以及病毒进化的解决方案。
了解更多有多种方法可以开展这类实验,但工作流程的每个步骤都有一些推荐使用的产品。
点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。
使用多种样本快速制备文库,以极大的灵活性来研究编码和非编码转录组。
进行比对、定量和融合检测。