2024年11月21日
一项由因美纳、Providence和微软研究院共同开展、历经数年的大型研究表明，全景变异分析（CGP）panel可以评估肿瘤中的500多种遗传变异，是指导患者采用最先进的精准治疗以改善总体生存率的有力工具。该研究发表于 JCO肿瘤学实践 (AMP) 2024 meeting in Vancouver, British Columbia.
“借助综合panel，我们发现大约一半的患者至少携带一个高级、可利用的变异，因此他们能够接受精准治疗，”Providence临床基因组学主任、Earle A. Chiles研究所研究员、该文章的资深作者Brian Piening博士说道，“此外，超过一半的患者都具有可以促使他们参与临床试验的生物标志物。这些结果相当惊人。”
基因检测的演变
癌症是一种遗传性疾病，其中基因组和染色体变异会导致细胞疯狂生长。在过去的30年里，临床医生采用了越来越复杂的检测方法来识别这些突变，并依据相关证据支持向患者推荐更有效的治疗方法。
早期的研究工作推动领域发展，但缺乏广度，通常仅测序50个或更少的基因，并且缺少重要的肿瘤信息。针对患者癌症的诊断、预后和预测遗传变异，CGP可提供更广阔的视野。
了解肿瘤的基因组蓝图可以指导精准治疗。在许多病例中，如果突变的酶导致细胞生长失控，则靶向治疗可以减缓或完全阻止其生长。免疫疗法利用患者自身的免疫系统来识别和摧毁肿瘤。这些方法和其他新兴治疗方法可以显著改善患者的治疗效果——但首先，临床医生必须了解导致肿瘤的遗传异常。
简化CGP方案
这篇联合发表的文章详细介绍了一项研究（为期五年）前两年的工作内容，该研究旨在评估ProvSeq——这是一种覆盖523个基因的panel，用于检测3216名晚期癌症患者（III期或IV期）。研究团队想了解这种综合方法是否能比小型基因组panel识别出更多可利用的异常，以及针对这些异常的先进疗法是否能延长患者的生存期。
为了解决保险报销，研究人员免费提供这些检测。他们还改进了CGP的流程顺序，以便更快地交付结果并更有效地改善护理。
“我们制定了一项方案，当病理学家诊断患者患有晚期癌症时就会开启检测，”Piening说道，“通常情况下，肿瘤学家会执行这些操作，但我们认为将其转交给病理学家将简化流程。让病理学家先执行CGP确实提高了效率。”
利用微软研究院合作者开发的基于自然语言处理的方法，Providence的临床研究人员能够快速、高效地分析大量的文献、临床试验和电子健康记录。这些人工智能技术帮助Providence的研究人员更高效地进行基因组学解读和临床试验匹配，从而为分子肿瘤专家委员会的工作提供支持。
可靠的结果
研究团队参考相同数据，通过模拟比较了ProvSeq与覆盖50个基因的panel的性能。不出所料，较小的panel未能检测到多种可利用的生物标志物。
最常见的肿瘤是肺癌、结肠癌、乳腺癌和前列腺癌。约88%的患者患有转移性疾病，40%的患者进入临终关怀阶段。CGP panel发现67%的肿瘤含有可利用的突变，而小型panel这一比例为33%。
此外，52%经过CGP检测的患者接受了靶向治疗或免疫治疗，显著提高了总体生存率。接受精准治疗的患者的中位生存期为25个月，而仅接受化疗的患者中位生存期为17个月。
这些原始统计数据具有实际影响。通过CGP检测，在患有严重甚至致命肿瘤的患者体内发现了可利用的突变，因此这些患者得到了最精准的治疗。
Piening说：“很多参与者都患有晚期侵袭性癌症。在一名进入临终关怀阶段的患者体内，我们发现了一种高度可靶向的生物标志物。患者因此很快接受了精准治疗，并且效果显著。不久，他们重获新生并投入工作。”
研究仍在继续
除了主要文章外，该团队还在AMP会议上展示了两张相关海报。其中一项研究表明，另一种基因组诊断可以帮助确定卵巢癌患者是否会对PARP抑制剂产生反应，而PARP抑制剂在治疗这类棘手的疾病方面已取得一些成果。
研究团队还介绍了一组携带结构性基因组变异（称为基因融合）的患者。其中一些融合已广为人知，但科学家发现了几种新的组合，这正得益于CGP检测独特遗传异常的强大功能。
这些发现只是冰山一角，背后隐藏着更大的谜团。这项为期五年的完整研究检测了超过10,000名患者，研究人员正在逐步分析更多的结果。这个更大的队列可以提供有关相对罕见癌症患者的更多信息。
这些结果是CGP临床探索过程中迈出的积极一步。Piening和他的同事预计，随着更多靶向和免疫疗法进入临床，CGP推动的患者预后将随着时间的推移而改善。
Piening表示：“我们不断见证新疗法获批，这对未来而言是个好兆头。虽然仍有很多工作要推进，但这些数字还会继续突破。最终，我们希望每个患者都能获得精准的治疗选择。”◆
