2021年7月27日
Biomédicos de Mérida医学主任Adrian Alejandro Ceballos López博士说：“上个月，我们迎来了疫情以来最大的峰值[阳性COVID病例]。” Biomédicos位于经济差异极大的墨西哥南部，是该地区唯一一家采用测序技术进行临床应用的实验室。但在本月推出新的IlluminaCOVIDSeq™ Assay之前，他们尚未对SARS-CoV-2病毒进行测序。Biomédicos是全球最早使用96样本分析的客户之一。在收到试剂盒的几天内，他们对21个样本进行了测序，并在该地区发现了15个伽马变种和3个阿尔法变种。
在尤卡坦州，有大量来自美国和加拿大的退休外籍人员，以及前往梅里达和附近坎昆的观光游客。Ceballos López想知道游客是否会带来变种。“我觉得我们在该地区发现阿尔法或德尔塔变种的可能性很大。目前，进入墨西哥没有要求强制性的COVID检测。但戴口罩仍然是强制性要求。”现在他可以对SARS-CoV-2进行测序，就能够确定来源。
“我们的老年人口已经接种了完整的疫苗，但40至60岁的人群只接种了第一剂疫苗。我们需要测序，因为我们观察到病毒很容易传播，且年轻患者的病情更严重。”
Biomédicos紧急启动测序，检测该地区的SARS-CoV-2。该实验室服务于墨西哥东南端，包括尤卡坦州、恰帕斯州、塔巴斯科州、坎佩切州、金塔纳罗奥州。该实验室还为邻国伯利兹提供服务。
Ceballos López于2020年底购买了用于血液学-肿瘤学的Illumina MiSeq™，他非常高兴能够使用新的COVIDSeq™ Assay检测方法，该方法允许小型实验室参与病毒监测。COVIDSeq Assay试剂盒提供的试剂可在MiSeq™、MiniSeq™和iSeq™100系统上对多达96个样本进行测序，相较于在NovaSeq™6000（多达3072个样本）或NextSeq™500/550/550Dx/2000（多达384个样本）上测序，这是一个更易于管理的替代方案。
Ceballos López说:“我们将能够识别具有临床意义的变种，也许是一个新变种。”
截至目前，全世界报告的COVID-19病例超过1.91亿例。为支持公共卫生管理，许多国家正在对阳性病例进行测序并报告变种情况。但现有的大部分基因组数据都来自大型基因组中心，这些中心的实验室有能力进行高通量样本处理，而一些在高通量测序仪方面投资有限的国家向COVID监测网络提交的数据较少。
COVIDSeq检测为低通量和中通量实验室提供了进行小规模分散监测的途径，他们可以对病毒变种进行测序和识别，从而帮助公共卫生机构管理COVID-19疫情。加强监测以检出新兴和流行的变种，这对于全球控制病毒的行动来说至关重要。
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